学习R包

１.镜像设置

file.edit('~/.Rprofile')
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))#清华镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")#中科大镜像
options()$repos
options()$BioC_mirror

1. Rstudio有两个重要的配置文件：（Rstudio开启运行时先会查看配置文件）

• .Renviron 设置R的环境变量
• .Rprofile 一种代码文件

2. options函数用于设置R运行过程中的一些选项设置

２.安装

1. make sure the reliability of your Internet
2. install．packages(" packagesName") 安装的包来自CRAN网站
3. BiocManager::install("packages") 安装的包来自Bioconductor

3. 加载

library(packagename) 和 require(packagename

#安装加载三部曲
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
install.packages("dplyr")
library(dplyr)
test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]

4.dplyr五个基本函数

1. mutate()，新增列

mutate(test, New = c(1,2,3,4,5,6))

2. select()，按列筛选

select(test,1) #根据索引筛选
select(test,Sepal.Length) #根据列名筛选
select(test,c(1,5)) #借用向量，按多个索引筛选

3. filter()，按行筛选

filter(test, Species == "setosa")
filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5)
filter(test, Species %in% c("Setosa","versicolor"))

4. arrange()，按某一列或某几列对整个表格进行排序

arrange(test, Sepal.Length)
arrange(test, desc(Sepal.Length))

5. summarise()，汇总

summarise(test,mean(Sepal.Length),sd(Sepal.Length))
group_by(test,Species)
summarise(group_by(test,Species),mean(Sepal.Length),sd(Sepal.Length))

5.dplyr两个实用功能

1. 管道操作%>%(cmd/ctr + shift +M)

test %>% group_by(Species) %>% summarise(mean(Sepal.Length),sd(Sepal.Length))

2. count统计某列的unique值

count(test,Species)

6.dplyr处理关系数据

1. 内连inner_join()

inner_join(test1, test2, by = "x") #取交集

2. 左连left_join()

left_join(test2, test1, by = 'x') #以左侧第一个数据集的x为标准
left_join(test1, test2, by = 'x') #注意两者结果并不相同

3. 全连full_join()

full_join(test1, test2, by = 'x') #取并集

4. 半连接semi_join()：

semi_join(test1, test2, by = 'x')
# 返回test1中有，test2中有，的test1中的元素

5. 反链接(anti_join)：

anti_join(test1, test2, by = 'x')
# 返回test1中有，test2中没有没有，的test1中的元素

6. 简单合并

bind_rows(test1, test2) #合并行要求列数相同
bind_cols(test1, test2)#合并列要求行数相同

7. 备注

1. iris是内置数据集
2. 加载任意一个tidyverse包即可用管道函数
3. base包中有简单合并函数cbind() rbind()