基于孙小洁的教程

Linux环境安装软件

通过miniconda安装

为啥选择miniconda？

miniconda是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域~生信星球豆豆

下载minconda

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
1· 选择对应自己服务器位数的最新版本
2· 复制下载链接
3· 登陆服务器在相应文件夹使用wget 复制的链接

安装并激活minconda

• 安装bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh](http://Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 激活source ~/.bashrc

使用minconda

• 首先需要添加镜像

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

• 查看已安装：conda list
• 搜索conda软件：conda search
• conda install 软件名 -y
• 卸载软件 conda remove 软件名 -y

conda 环境

创建不同的环境相当于拥有了分身，可以安装不同的软件，互不干扰。

conda环境操作实例

1· 查看当前环境 conda info --envs
2· 建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomaticconda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3· 激活新的conda环境 conda activate rna-seq

# conda environments:
#
base                     /home/bio11/miniconda3
rna-seq               *  /home/bio11/miniconda3/envs/rna-seq

4· 退出当前环境conda deactivate