推荐一个做微生物生态的小伙子和他的网站

推荐一个做微生物生态的小伙子和他的网站

https://jkzorz.github.io/

关于杰克

关于我
我叫杰克（Jackie），在攻读硕士学位期间，我开始研究R和微生物生态学数据，当时我正在研究数百种海洋16S rRNA扩增子测序样品。我已经将多年来使用的一些代码编译到这些教程中。希望您对他们有所帮助！

介绍

分析微生物生态数据
我将这些教程用作跟踪用于生成R可视化和统计分析的代码的地方，特别是为了可视化和分析大型微生物生态数据集。我还谈到了关于微生物扩增子/标记基因数据的分析/可视化，但是这些分析可以扩展到几乎任何情况下使用样本x物种丰度/频率或样本x数值变量类型输出。

免责声明：我绝对不是R专家，这也许在我的代码中很明显。但是，过去，我教程中的所有代码都对我有用，并为我提供了想要的结果。在R中获得相同的最终产品可能有数百种不同和/或更优雅的方法，因此可以根据需要随时进行调整。

无论如何，我也不是统计专家，而且我在很大程度上依赖一些非常有用的资源。我要去的是GUSTAME，它是微生物生态学统计分析的指南。还有他们的论文。

• Multivariate analyses in microbial ecology
• A guide to statistical analysis in microbial ecology: a community-focused, living review of multivariate data analyses

网站目前上线的教程

• Where to start?
• Alluvial plots in R
• R functions to automatically manipulate data from MetaAmp
• Scatter plots in R
• Mantel Test in R
• Boxplots in R
• Indicator Species Analysis in R
• Correlation Heatmaps in R
• ANOSIM Test in R
• NMDS Plots in R
• Stacked Bar Plots in R
• Bubble Plots in R

请访问一下地址即可：https://jkzorz.github.io/blog/

部分成图欣赏

Alluvial plots in R

[站外图片上传中...(image-4b391d-1584113859970)]

Scatter plots in R

[站外图片上传中...(image-aed92d-1584113859970)]

Correlation Heatmaps in R

[站外图片上传中...(image-882365-1584113859970)]

https://jkzorz.github.io/assets/Stacked_bar_for_blog.png

image

Bubble Plots in R

[站外图片上传中...(image-404e12-1584113859970)]