构建RNA-seq转录组分析流程
###测试脚本
snakemake -s Snakefile -p -j 10 --dry-run
$> snakemake -k -j 10 --cores 60 -s Snakefile --rerun-incomplete
文件目录
[图片上传失败...(image-6a577d-1690724052432)]
# snakemake-mRNA 转录组分析流程
## 创建分析环境
`
conda create -n rnaseq python=3 snakemake fastp seqkit hisat2 stringtie gffcompare cufflinks rseqc mirdeep2 miranda rsem trinity bioconductor-deseq2 bioconductor-edger bioconductor-genomeinfodb bioconductor-genomeinfodbdata bioconductor-clusterprofiler r-tidyverse r-ggthemes r-ggsci r-ggpubr r-argparse r-slickr r-dt r-kableExtra r-prettydoc r-rmdformats r-pheatmap
`
## 流程使用教程
### 激活分析环境
``shell
# 激活分析环境
conda activate rnaseq
``
### 将软件脚本复制到工作目录
```shell
# 后续升级软件后省略该步骤
# workdir 为项目的工作目录，报告会在此目录生成
cd workdir
cp -r /nfs1/public2/User/wzc/apps/snakemake_pipeline/snakemake-mRNA/* .
``
### 生成或修改配置文件
配置文件要放到当前的工作目录中。
1. 修改`config.yaml`
一般修改参考基因组和注释文件以及groups（分组类别）的值如下：
``
metadata: sample-metadata.txt
diff_lst: diff.lst
groups:
- group
- other
ref:
index: "/home/database/mouse/Ensembl/hisat2_index/genome_tran"
genome: "/home/database/mouse/Ensembl/Mus_musculus.GRCm38.dna.primary_assembly.fa"
annotation: "/home/database/mouse/Ensembl/Mus_musculus.GRCm38.94.gtf"
``
2. 生成 `sample-metadata.txt`
该文件是客户填写的样本信息表，包含了分组信息,我们需要加上数据的路径，示例如下：
``shell
SampleID group fq1 fq2
B1 B raw_data/B1.R1.fq.gz raw_data/B1.R2.fq.gz
B2 B raw_data/B2.R1.fq.gz raw_data/B2.R2.fq.gz
B3 B raw_data/B3.R1.fq.gz raw_data/B3.R2.fq.gz
B4 B raw_data/B4.R1.fq.gz raw_data/B4.R2.fq.gz
D1 D raw_data/D1.R1.fq.gz raw_data/D1.R2.fq.gz
D2 D raw_data/D2.R1.fq.gz raw_data/D2.R2.fq.gz
D3 D raw_data/D3.R1.fq.gz raw_data/D3.R2.fq.gz
D4 D raw_data/D4.R1.fq.gz raw_data/D4.R2.fq.gz
``
注意：该版本样本列名必须为`SampleID`.
3. 生成 `diff.lst`
该文件是客户填写的差异分析方案，示例如下：
``shell
B_vs_D group B D
``
注意：第一列是差异分析方案名，必须以`_vs_`分割；第二列是分组类别； 后两列是case组和control组；最后一点要注意顺序。
### 软件运行
运行命令如下：
``shell
# 本地运行
snakemake -k -j 50
# 集群运行
snakemake -k -j 50 -c 'qsub -V -cwd'
``
运行成功后，会在当前目录生成`report.html`，即为该项目的报告。
## 报告交付
目前采用百度网盘交付报告，使用[BaiduPCS-Go](https://github.com/iikira/BaiduPCS-Go)软件上传，具体命令如下：
`shell
# 进入网盘交互模式
BaiduPCS-Go
# 在网盘创建报告文件夹
mkdir -p HTXXXXX/map/
# 上传数据
upload --norapid map/QC HTXXXXX/map/
upload --norapid raw_data clean_data Expression Diffexp Isoform_Alternative_Splicing novel_trans HTXXXXX
``
上传完毕后可以生成共享链接交付客户下载。
``
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