conda安装与使用方法

conda是一个开源包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 它适用于Linux，OS X和Windows，是为Python程序创建的，但可以打包和分发任何软件。Anaconda是一个开源的Python发行版本，包含了conda、python等180多个科学包及其依赖项。如果为了省时间，也可以使用Miniconda这个较小的发行版。anaconda、miniconda、conda三者皆属于linux的软件管理器，日常生信使用miniconda已足够。
conda官网：https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/

一、安装

1、下载可执行文件

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

2、安装

sh Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
>>> yes
>>> /export/home/hushy/miniconda2  ##指定安装路径

3、测试

conda info -e
# conda environments:
#
base     *  /export/home/hushy/miniconda2    #安装后系统进入miniconda虚拟环境base

二、管理conda 环境

由于不同的项目所需的软件版本可能不同(如python2/python3)，要同时进行不同项目就需要设置不同的conda 环境。

1、查看conda存在哪些环境(*代表此环境为默认环境)

conda info --envs

2、添加新环境

conda create -n ANA  #创建新环境ANA
conda create -n env python=3 fastqc trimmomatic -y   #创建新环境env，并指定python版本为3,同时安装fastqc和trimmomatic两个软件

3、激活新conda环境

conda activate ANA

4、退出虚拟环境

conda deactivate

三、安装软件

1、查看当前所有软件列表

conda list

2、搜索软件 (以fastqc为例)

conda search fastqc
conda search skewer

3、安装

conda install fastqc -y                    #自动安装fastqc 
conda install -c bioconda skewer           #安装skewer
conda install -c bioconda skewer=v0.2.2    #安装特定版本
conda install -c bioconda bwa
conda install -c bioconda/label/cf201901 skewer

4、卸载某虚拟环境中某软件

conda remove -n ANA skewer -y