part one 接前次
前面我写过一篇The protocol of using PluriTest.org to proceed pluripotency assessment via ftp server，简单介绍了一下使用ftp协议上传数据的方法，该方法主要针对于fastq.gz文件>1.5G的情况。
今日将某些<1.5 G数据通过在线方式上传，发现速度快得惊人（~10 M/s）。因此，以后还是建议通过网页上传更为方便和妥当。
下面我简单说一下，在通过ftp协议上传时遇到的问题。
（1）上传数据不完整，双端数据配对错误
第一次上传的时候，直接拖了4个文件过去，耐心等待过后，准备手动点击“开始”的时候，发现数据传输不完整，真的是要了卿命了；
将不完整的数据删除之后，重新上传，顺序又被打乱了。该方法默认，1-2数据配对，3-4数据配对。而我恰好删除了2,4，再重新上传的时候，1-3已经配对了，2-4配对，从而直接导致分析不成功。（当然这可能是我在上传的时候选了“自动匹配文库”造成的，如果不选这个选项，或许不同。虽然我很好奇，但是实在不想试了，如果有人试了，可以告诉我哦~）
（2）经常找不到“pending”这个按钮
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而说明书中明确提到，上传结束之后，要点击“pending”来手动开始分析，而怪就怪在这个“pending”的行踪飘忽不定。想要得到“pending”，必须严格遵守以下步骤：
A. 点击“upload”之后，有一个很奇怪的长串字符，在ftp服务器中双击名字为这个长字符串的文件夹，然后将数据从本地拖拽到该文件夹下，此时网页上就出现了pending。
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B.数据上传结束之后，在pending页面，点击“analysis”
C.等待系统发送邮件，通知分析已经结束。
但是我常常收到这封邮件，让我百思不得其解，同样的数据，时而成功，时而失败。
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以下是数据结果页面的情况，成功为绿色，疑惑黄色，未成功开始分析则是感叹号
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明明是一样的数据，上传的时候三遍核对大小，配对无误，仍然是得到一些非常奇怪的结果，一口老血吐在键盘上。
part two 在线上传速度杠杠的
今天意外的使用了在线上传的方式，速度快到飞起。一直固执的认为有ftp协议，上传速度会更快，然鹅，我被打脸了，没试过的东西，就不要下定论，有图有真相。
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而且，我意外的发现了，可能造成自己分析结果时而成功时而失败的原因。
因为有了文件上传不完整的糟心经历，我是尽量避免同时上传多个文件，担心是这个原因引起的。因此就算是双端测序的同一个样本，我也是先上传完R1，再上传R2。转到网页上传我也是打算这个干，先把R1拖到网页里面，点击上传，上传成功后再拖R2。可是当我拖入R1，点击上传之后，发现网页提示我未知错误，无法配对。此时此刻。。。我大概明白了一些东西。
那就是，上传的时候一个样本一个样本的上传，双端数据同时上，先配对上，然后pending，最后analysis。
但愿是这么一个原因，我已经按照这个要求重新上传数据了，如果结果打脸，那我就认了，好吧，我尽力了。
以下是我曾经怀疑过数据分析失败的原因
- 数据格式不对：经查验，我们是认真的fastq.gz
- 双端长度不对： zless *.gz| wc -l 数过发现没问题
- 数据处理流程有问题：样本处理结果打脸，同一个样本，可成功也可失败
- 网页工具不太好：你们说呢？
好了，不管怎么样，有问题就解决问题，没法解决就哭吧。
加油吧，拜拜~
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