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scanpy下对应R语言subset提取细胞自己的实现

scanpy下对应R语言subset提取细胞自己的实现

作者: Norahd | 来源:发表于2022-03-16 21:16 被阅读0次

需求一:从adata.obs 的'batch' 列里提取包含['batch_1','batch_2','batch_3','batch_4']的细胞样本

###筛选样本
ad_sc = ad_sc[ad_sc.obs['batch'].isin(['batch_1','batch_2','batch_3','batch_4'])]

需求二:提取出包含细胞数大于100的细胞类型(对 cellType 列处理)

cellType_counts = ad.obs['cellType '].value_counts() #统计各细胞类型下包含的细胞数目
ad_sc = ad_sc[ad_sc.obs['cellType '].isin( cellType_counts[cellType_counts > 100].index)] 

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