虽然已经学了好久，但是之前一直不会用脚本，只会用循环命令。还好今天用两个小时学会了脚本，现在分享出来
在cleandata文件夹下
ls `pwd`/*_1* >new_fastq_1
ls `pwd`/*_2* >new_fastq_2
paste new_fastq_1 new_fastq_2 >conf_fastq
#将脚本写入script目录中，
cd script
#新建一个名字为filter.sh脚本，并添加内容
vim bidui.sh
#脚本内容
cat ~/Lishaomei/goosecleandata/conf_fastq | while read i
do
fqs=($i)
fq1=${fqs[0]}
fq2=${fqs[1]}
echo $i
b=$(echo $fq1 | cut -d "_" -f2)
c=$(echo $fq2 | cut -d "_" -f2)
if [ $b = $c ];then
nohup hisat2 -p 6 -x /public/jychu/Lishaomei/reference/index/index -1 $fq1 -2 $fq2 -S /public/jychu/Lishaomei/bam/$b.sam
fi
done
chmod a+x bidui.sh
./bidui.sh
网友评论