seqtk 用于随机reads 抽提
安装：
conda install seqtk
如果没有安装conda , 先安装conda ,或者直接下载seqtk 安装包，进行安装
seqtk seq -s11 read1.fq.qz 60000 >sub1.fq.gz
seqtk seq -s11 read2.fq.qz 60000>sub2.fq.gz
参数：-s 表示种子，-s 如果设置不一样，抽提出来的数据是不同的，默认值为11
“60000” 表示reads 数目，也可以用比例
例如深度10000X 抽提到2000X ，可以用0.2
seqtk seq -s11 read1.fq.qz -f 0.2 >sub1.fq.gz
seqtk seq -s11 read2.fq.qz -f 0.2 >sub2.fq.gz
ps. 运行速度比python脚本快多了
seqtk 用于随机reads 抽提 安装：conda install seqtk如果没有安装conda , 先安...
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由于fastqc的结果 reads 长度分布有点奇怪，所以想看看是原始 Fastq 文件的问题还是 Fastqc ...
本文标题：seqtk: fastq reads 随机抽提
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/xwifuktx.html
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