TCGA mRNA表达谱可以从GDC里面下载mainfest合并整理，结合clinical信息判断原癌位点和癌旁位点的测序数据；
还也可以下载Xena数据。
TCGA编号最重要的是第二列和第四列，第二列是取样组织，第四列1-9为tumor，9以上为normal。
掌握Linux sed awk grep 就可以写个shell脚本进行区分。
整理数据后在R中画图，这次选择了ggpubr里面的ggviolin，data.frame包一下数据就可以了。
整理了33种Cancer，还是能看出来一定的趋势的。
TCGA mRNA表达谱可以从GDC里面下载mainfest合并整理，结合clinical信息判断原癌位点和癌旁位...
问题描述：差异基因分析中有一些基因会有异常表达，例如说，A基因在大部分样本表达量介于1-10之间，然后A基因在甲样...
（1）分析单个基因在TCGA多个类型肿瘤中的分布（正常/肿瘤） 通过TCGAbiolinks下载表达量数据集 注释...
文章来源 那么首先需要得到上图的基因列表 使用下载这些基因在GBM的芯片数据的表达量。 下载感兴趣基因的表达矩阵 ...
如图
一、基本公式 （现：现期量 、基：基期量、增、增长量、r：增长率） 计算现期量：现=基（1+r） 基= ...
使用gtex数据库找组织特异性表达基因 组织特异性表达基因在单细胞领域应用比较广泛，毕竟一下子好几千个细胞的表达量...
在开发UCSCXenaShiny这个包过程中开发了一个小工具，用于查看某个基因在肿瘤组织和正常组织中表达量的差异。...
我们有时候会有一个需求，就是从我们表达量矩阵里面挑一个单基因，来展现该基因在两种或者多种不同处理下的时序性表达。就...
代码引自生信技能树https://mp.weixin.qq.com/s/JB_329LCWqo5dY6MLawfE...
本文标题：目标基因在PanCancer里面的表达量
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/zajowctx.html
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