RNA-seq标准分析，我们已经讲解的太多了，表达矩阵到差异分析等下游生物学注释都没有啥新颖之处，融合基因和可变剪...[作者空间]
前言 GATK是由Broad institute开发的用于变异检测(例如: SNP, Indel等)高通量测序数据...[作者空间]
刘小泽写于2018年，发送于2019.6.13相信你已经磨拳擦掌，想要自己分析一波原始的人类基因组数据，并自己挑出...[作者空间]
参考试论NGS数据的Duplication问题初步分析PCR duplication的情况仔细探究samtools...[作者空间]
1 先查看sam文件 随机选择3个 再看另外一个： 关于samtools mpileup的具体用法和结果解释请看 ...[作者空间]
一、转录组SNP/INDEL（RNAseq SNPs + Indels）的介绍 GATK官网介绍：RNAseq s...[作者空间]
ID转换？系统了解下ID ENSEMBL ID五部分组成：ENS（物种）（对象类型）（标识符）.（版本）第一部分“...[作者空间]
一个基因包括很多信息，同时也包括很多的ID。比如最基本的gene id而言。其在不同数据库里面就包括不同的ID。比...[作者空间]
上一篇记录了mapping这一步的软件选择，也讲到了对于sam文件如何考虑MAPQ的过滤，这篇我主要想记录一下...[作者空间]
NGS原理图大全-计划涵盖大部分Genome-Transcriptome-Translatome-tRNA-smR...[作者空间]
bwa bowtie salmon 直接从fastq到达特异性表达矩阵 subread 备注：需要对应建索引的软件...[作者空间]
教程地址下载snpEff地址解压unzip snpEff_latest_core.zip我的路径是/home/ch...[作者空间]
但如果没条件的话，可以尝试利用现有的数据（比如：千人基因组项目，GIAB http://jimb.stanford...[作者空间]
本来下载数据用的是NCBI官方指定的sratool-kit里面带的prefetch，本来实验室网速快还没啥问题，但...[作者空间]
放在最前面的参考链接：给学徒的ATAC-seq数据实战（附上收费视频) 数据来源的文章： The landscap...[作者空间]
有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行...[作者空间]
首先安装软件 先安装conda，使用清华的conda，说明书：https://mirrors.tuna.tsing...[作者空间]
欢迎关注"生信修炼手册"！ tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引，从而加快访问速度，不仅支持VCF...[作者空间]
1. md5 检测数据是否下载完整 2. fastqc 质控 3. Trimmomatic 过滤低质量序列 4. ...[作者空间]
