从开始学习转录组分析，都是按照网上的教程别人的数据一步一步的跑，只要是严格按照教程上来，基本都不会出现错误。在...[作者空间]
Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem开发的...[作者空间]
通过阅读Trinity的源码，学习Trinity的运行过程以及使用的算法，写这篇博客的时候已经阅读Trinity的...[作者空间]
1. KEGG 1.1 KEGG的产生 如何借助计算机全面地展示细胞和生物所包含的生物学信息是后基因组时代的重要挑...[作者空间]
前言 基因之间存在共表达 共表达的基因可能具有相似的生物功能 从具有相似的表达谱的基因去推测其功能 利用不同基因表...[作者空间]
7月算法学习笔记 前言 与回归与分类不同，聚类是无监督学习算法，无监督指的是只需要数据，不需要标记结果，自己给自己...[作者空间]
Trinity作为一款经典的转录组组装软件，在众多的转录组组装软件中认可度应该是最高的，而且版本一直在更新，现在已...[作者空间]
这个步骤推荐在R里面做，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq2进行差异分析，当然也可以走走edgeR...[作者空间]
前段时间，估计2个月之前了吧，Nature Commnication 上发了一篇史上最强RNA-Seq数据分析测评...[作者空间]
要求 实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会...[作者空间]
欢迎来GitHub上fork，一起进步： https://github.com/xuzhougeng 比对软件很多...[作者空间]
转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据...[作者空间]
需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的...[作者空间]
本系列课程学习的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffolding...[作者空间]
生信技能树的转录组学习开班了, 第一个任务是安装软件, 于是我花了一个下午时间和Linux斗智斗勇。 系统准备 w...[作者空间]
前言 这次给大家带来的是16年发表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇处理RNA-seq数据的文章：Tra...[作者空间]
还在利用hisat, tophat这些耳熟能详的软件将read比对到基因组（转录组）上，然后统计每个基因的coun...[作者空间]
基因表达 什么是基因表达，如下是来自于维基百科的解释： Gene expression is the proces...[作者空间]
