本节概览：数据预处理, 进行样本间具有可比性boxplot查看样本的基因整体表达情况查看不同分组的聚类情况：样本h...[作者空间]
Y叔的clusterProfiler的一大优点就是能够利用最新的KEGG数据库，而不是停留在最后一个公开版的KEG...[作者空间]
GRN：基因调控网络 分为四步进行GRN分析 1.GENIE3/GRNBoost：基于共表达情况鉴定每个TF的潜在...[作者空间]
SCENIC:Single Cell rEgulatory Network Inference and Clust...[作者空间]
背景介绍 这张图来自于一篇对胎盘母胎界面的细胞互作研究[1]，这篇文献筛选出了所有细胞表达的配体和受体，利用现有的...[作者空间]
小鼠全基因组数据分析 文章是：2017 Unexpected mutations after CRISPR–Cas...[作者空间]
ceRNA在线工具LncmiRSRN Abstract Motivation: 目前一些计算方法都是基于2011年...[作者空间]
写在写在前面的前面 我不喜欢调用外部程序，如果是简单的事情。我觉得应该用最简单的方式来实现。如果你只是想画一个简单...[作者空间]
1、GWAS 流程 image.png数据质控• 1）按分型百分比条件过滤，多数文章剔除缺失率在20%以上的位点，...[作者空间]
在硕士就读期间，就已经做过 GWAS 相关的分析。当时标记量非常少， windows 系统分析就足够了，作图方面涉...[作者空间]
写在前面 《-零命令行-生信下游数据分析》的第四帖主题，定为韦恩图绘制总的来说，凡是相对不简单的分析，无论是否涉及...[作者空间]
上一步骤（第6篇：重复样本的处理——IDR）用IDR对重复样本peaks的一致性进行了评估，同时得到了merge后...[作者空间]
2018-07-19每日文献：Panoramic stitching of heterogeneous singl...[作者空间]
欢迎关注"生信修炼手册"！ 对于GWAS分析的结果，最常见的可视化手段就是曼哈顿图了。一个典型的曼哈顿图示例如下 ...[作者空间]
library(clusterProfiler) setwd("D:/Desktop/") a=read.tabl...[作者空间]
框架工具选择 A review of bioinformatics pipeline framework 的作者对...[作者空间]
这个步骤推荐在R里面做，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq2进行差异分析，当然也可以走走edgeR...[作者空间]
RNA-seq数据下载 数据来自文献：An RNA-Seq transcriptome and splicing ...[作者空间]
