14.1 前言 本篇是细胞注释章节的更详细的延续,该章节已经介绍了差异基因表达(DGE)作为用细胞类型注释簇的工具...[作者空间]
R语言绘图包系列: R语言绘图包01--优秀的拼图包patchwork[https://www.jianshu.c...[作者空间]
简介 plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能,可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图...[作者空间]
本次学习资料来源,结合视频观看效果更佳,视频相关代码如下: 视频如下:https://www.youtube.co...[作者空间]
单个样本分析接上一篇:Python图文复现2022||02-数据介绍与下载[https://www.jianshu...[作者空间]
学习资料来源:anndata主页:https://anndata-tutorials.readthedocs.io...[作者空间]
简介 在单细胞数据分析中,如何对跨不同实验、条件、批次、时间点或其他技术因素的单细胞测序数据进行多样本整合仍然是一...[作者空间]
一、从上游输出文件结果中获取基因有效长度 一般而言,RNA-seq得到原始counts表达矩阵最常用到的上游软件就...[作者空间]
scanpy也可以使用harmony,但是其实调用的Harmonypy这个包,其实使用的话倒是比较简单,就是下面这...[作者空间]
适用背景 昨天写的文章[https://www.jianshu.com/p/8a81071571d9]介绍了Ann...[作者空间]
在RNAseq的下游分析中,一般都会将上游处理完得到的原始counts数转变为FPKM/RPKM或是TPM来进行后...[作者空间]
课题需要某一篇已发表文章的基于10x Genomics平台的scATAC-seq数据,于是乎,开始了踩坑指南。 N...[作者空间]
hello,又是周一,新的开始,今天是二月二十八日,对于台湾同胞来说是一个沉重的日子,时间很快,快到我们毫无感觉就...[作者空间]
所有信息可以查看github[https://github.com/sqjin/CellChat]教程有很多,最基...[作者空间]
R语言绘图包系列: R语言绘图包01--优秀的拼图包patchwork[https://www.jianshu.c...[作者空间]
scWGCNA是一个生物信息学工作流程,是R包WGCNA[https://horvath.genetics.ucl...[作者空间]
分析过程 以rela基因为例,featureCounts结果文件“all.id.txt”中提供的信息为: 接下来用...[作者空间]
Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Reveals Im...[作者空间]
在看文献Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presentin...[作者空间]
Single-nucleus transcriptome analysis reveals dysregulati...[作者空间]