前言 首先，vst也是基于负二项分布的一种标准化方法我们为什么在大样本数据中需要采用vst的标准化方法呢？这是因为...[作者空间]
0.缘起 很多文章中用到GEPIA这个网页工具来进行TCGA和GTEx表达量的联合比较，但在此之前我不知道要怎样在...[作者空间]
最近在看ceRNA的时候看到了一个宝藏R包，写包简化了芯片数据下游分析之后，我正想着写转录组下游分析的简化版，就看...[作者空间]
如果从TCGA官网网页下载数据，或者使用gdc-client工具下载的数据，都是以单个的文件夹形式存储，并且文件夹...[作者空间]
下载TCGA数据时，可以采用多种方式进行下载，有使用R 相关的packags进行下载，最新的数据最好是从TCGA官...[作者空间]
一.对于芯片数据： GEO中的Series Matrix File(s)通常是经过了标准化和对数转换的数据，但是不...[作者空间]
TCGA学习01：数据下载与整理 - 简书 TCGA学习02：差异分析 - 简书 TCGA学习03：生存分析 ...[作者空间]
单因素差异分析 对于DESeq来说，常用的单因素的差异分析已经比较多了， 一般来说，对于基因的表达矩阵，放在前面的...[作者空间]
前天同事帮领导写基金，看文献找思路，突然问我能不能帮她分析一下数据，我看了一下数据是FPKM的文件。第一反应是可以...[作者空间]
加载包 library(TCGAbiolinks)library(dplyr)library(DT)library...[作者空间]
各种生存分析-傻傻分不清 作者：白介素2 OS 总体生存期： Overall Survival 定义： 结局指标是...[作者空间]
上一篇文章介绍的是关于TCGA数据的下载，如果不太清楚怎么下载数据的读者请参考这篇文章：TCGA数据库的利用（一）...[作者空间]
1.在 UCSC 下载 hg19 参考基因组；2.从 gencode 数据库下载基因注释文件，并且用 IGV 去查...[作者空间]
