有许多不同的统计量可以衡量差异选择的区域或基因渗入障碍的区域。这里介绍常用的四个统计量的计算： pi, 衡量遗传多...[作者空间]

随着测序的成本越来越低，测序技术越发先进，除了研究单核苷酸多态性(SNP)。研究者们开始慢慢将目光转向了各位复杂，...[作者空间]

每周和你一起学习一些群体遗传的知识，每周和你一起进步，欢迎回来！上一回介绍完基本的群体遗传学的概念后，这周会给大家...[作者空间]

文献：A new regulator of seed size control in Arabidopsis id...[作者空间]

这周开始会陆续每周和大家分享一些和群体基因组学相关的知识（嗯，我又开始挖坑了）。本次推文先不进行具体知识的讲解，先...[作者空间]

上个月中旬，出于对GWAS的好奇，我参加了一个培训班，之后又花了一周的时间来整理听课笔记，感觉现在对GWAS已经有...[作者空间]

一、中性学说 分子水平上，生物的演化或物种的进化并不是自然选择引起的，而是由中性/近中性的突变等位基因经过遗传漂变...[作者空间]

从获取下机数据做质控、比对，到calling snp获得vcf文件这一步，网上已经有非常详细的教程，有GATK4....[作者空间]

软件介绍 系统发生树是一个很好的工具来推断各种生物之间的进化关系，因此该树已被用于许多进化研究中。因此，基于SNP...[作者空间]

在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的基础。如何正确理解并且进行相关的LD连锁不...[作者空间]

概念回顾 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多...[作者空间]

Structure分析当然最经典的软件就是STRUCTURE。但Structure分析还有其他软件可以选择: AD...[作者空间]

介绍 什么是structure图？ 如果你有看过群体遗传相关的文章，你对它肯定不会陌生。对那些还没有接触过的同学，...[作者空间]

常用的工具 PCA分析中常用的工具有GCTA中的PCA模块，老牌的软件EIGENSOFT中的smartpca，还有...[作者空间]

PCA概念介绍 PCA 全称是Principal Component Analysis，又叫做主成分析。是一种分析...[作者空间]

之前在公众号里已经粗略的介绍过一个怎么用snp callingc出来 的vcf文件画进化树之前见过师兄师姐们用蛋白...[作者空间]

当你构建完系统进化树，你当然是想让他变得美美哒，最后是能达到发CNS的level。 下面简单给大家介绍两个比较好用...[作者空间]

如果根据SNP或者Indel 构建其系统进化树，可以展示群体中不同个体的相互关系，基因变异相似的往往会在同一个树的...[作者空间]

系统发育学概念 系统发生（或种系发生、系统发育，phylogeny）是指生物形成或进化的历史。系统发生学(phyl...[作者空间]

什么是基因组变异 基因组变异是一个定义比较模糊的概念。 所谓的变异是相对于一个完美的“参考基因组”而言。但是其实完...[作者空间]