通过exprs函数获取表达矩阵后我们可以通过以下三种方法判断是否需要进行log2转换 1.肉眼识别 最简单粗暴的方...[作者空间]
聚类分析是一种无监督的学习方法,根据一定条件将相对同质的样本归到一个类总(俗话说人以类聚,物以群分)正式一点的:聚...[作者空间]
目录 标准化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4....[作者空间]
这本是三年多之前我发在公众号上的一篇旧文,一些偶然的机会,发现不少朋友也在讨论这个问题,因此我重新做了梳理并发出来...[作者空间]
1. 转录组数据统计推断的难题 在RNA-seq中进行两组间的差异分析是最正常不过的了。 我们在其它实验中同样会遇...[作者空间]
背景 feature 定义:基因组上对具有不同性质区域的定义 (例如:gene/exon/intron/miRNA...[作者空间]
基因表达标准化Normalisation 我们在比较不同样品不同基因的差异表达情况时,期望表达水平分布符合统计方法...[作者空间]
RNA-seq看表达量高低是看哪个值?1.Read count(1)数值概念:比对到gene A的reads数。(...[作者空间]
RNA-seq的标准化方法 对于RNA-seq而言,由于 技术误差, 测序深度不同, 基因长度不同,为了能够比较不...[作者空间]
这本是我为论坛的基础板块写的一个 基础知识点,但是浏览量实在有限,不忍它蒙尘,特在博客重新发布一次! 原帖见:ht...[作者空间]