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    • 玉米转录组的KEGG和GO富集分析
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      2022-08-18
    • 玉米转录组的KEGG和GO富集分析1.GO富集 使用orgDb 通过使用Bioconductor的AnnotationHub在线检索并抓取OrgDb...[作者空间]

    • Duplicate产生原因
      0
      2022-07-08
    • Duplicate产生原因Dup背景 高通量测序检验流程可分为“实验室操作”(又称为“湿实验”)和“生物信息学分析”(又称“干实验”)两部分...[作者空间]

    • 做出漂亮的序列比对alignment图——ENDscript/E
      0
      2022-06-15
    • 做出漂亮的序列比对alignment图——ENDscript/E大家经常在文献中看到非常好看的序列比对图,现在笔者将目前见过的最好看的序列比对图的作图方法作分享,希望对大家的科研...[作者空间]

    • autoSeqMan:批量Sanger测序结果处理、拼接
      0
      2021-12-15
    • autoSeqMan:批量Sanger测序结果处理、拼接昨天送样的sanger测序结果返回来了,可是看着ab1文件和seq文件我就有点头疼,一个一个来处理肯定是不适合我这...[作者空间]

    • 水稻CUT&Tag数据分析流程
      0
      2021-06-01
    • 水稻CUT&Tag数据分析流程最近实验室的师兄做了几个样本的Cut&Tag数据,公司没有分析流程,只能自己摸索着分析。 参考了网上的一个流程:h...[作者空间]

    • 好好学!这技术值一篇Plant physiology!
      0
      2021-05-14
    • 好好学!这技术值一篇Plant physiology!今天看到Plant physiology在线发表了一篇文章。 In this study, we develope...[作者空间]

    • 【samtools】运行报错: error while load
      0
      2021-05-13
    • 【samtools】运行报错: error while loadsamtools用conda安装后,总是出现共享库缺失的报错。即便你刚安装samtools时可以用,但后面在同一环...[作者空间]

    • 贴心 | GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 -
      0
      2021-04-12
    • 贴心 | GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 -写在前面 目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码,大量物种的基因组序列被测定和释放。...[作者空间]

    • 如果gff文件出错,如何矫正基因结构注释文件?
      0
      2021-03-28
    • 如果gff文件出错,如何矫正基因结构注释文件?什么?基因注释文件出错? 往下看! 有时候在做进化树+结构域这种组合图时,会发现偶尔有个别基因的结构域与同一基因家...[作者空间]

    • SR4R数据库:水稻4个SNP集的筛选及其应用
      0
      2021-02-06
    • SR4R数据库:水稻4个SNP集的筛选及其应用前言 王向峰老师2020年发表在《Genomics Proteomics Bioinformatics》(IF=6...[作者空间]

    • 测序数据的深度、覆盖度等计算
      0
      2020-10-19
    • 测序数据的深度、覆盖度等计算Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段(短读 short reads...[作者空间]

    • 可能是下载公共数据fastq.gz最快的方法【new】
      0
      2020-09-12
    • 可能是下载公共数据fastq.gz最快的方法【new】参考: 批量下载SRR数据从NCBI-SRA和EBI-ENA数据库下载数据 最近下载了一些比较大数据,自己感觉下载...[作者空间]

    • 通过VCF文件制作定制化的参考基因组
      0
      2020-09-11
    • 通过VCF文件制作定制化的参考基因组前言 最近做的项目要对reference genome基于突变进行一些modify,制作personalized ...[作者空间]

    • 一行命令完成RNAseq数据标记重要基因
      0
      2020-08-06
    • 一行命令完成RNAseq数据标记重要基因前面介绍了怎么一行命令完成RNAseq差异分析加作图,那如果我们已经有自己重点关注的基因,并且想把这些基因在差异结...[作者空间]

    • 儿童节礼物!常用水稻数据库及生信在线平台总结
      0
      2020-06-01
    • 儿童节礼物!常用水稻数据库及生信在线平台总结儿童节嘛,就稍微用我与儿童一致的粗浅学识总结一下 水稻表达谱数据库1 efp(非常全面):http://bar.u...[作者空间]

    • R-下载某一条通路的所有基因名字(KEGG)
      0
      2020-05-26
    • R-下载某一条通路的所有基因名字(KEGG)实例:如何拿到KEGG数据库中多巴胺通路相关的基因集 一、确定目标通路 打开KEGG选择pathway,在搜索框前...[作者空间]

    • 和刘小泽一起进行KEGGREST包学习(附送KEGG复习)
      0
      2020-05-11
    • 和刘小泽一起进行KEGGREST包学习(附送KEGG复习)刘小泽写于2020.5.10这个包就是帮助我们理解KEGG数据库的,会了它就可以知道哪个基因属于哪个通路,以及不同...[作者空间]

    • 在linux中用脚本探索基因组区域
      0
      2020-02-12
    • 在linux中用脚本探索基因组区域刘小泽写于2020.2.12看到一个生信前辈DaveTang的博客中一篇很久以前的博文,虽然已经过去了5年时间,但...[作者空间]

    • 从Uniprot那里得到对应的拟南芥基因ID
      0
      2019-12-26
    • 从Uniprot那里得到对应的拟南芥基因ID最近有个需求,就是给定一个蛋白质的ID号,就知道它是什么基因。比如说O49397。但有个问题是,我并不知道这是个什...[作者空间]

    • 关于GSEA富集结果条目数一跑一变的迷思和恍然大悟
      0
      2019-08-28
    • 关于GSEA富集结果条目数一跑一变的迷思和恍然大悟当只有自己发生状况时,归结给运气和自己太菜;当别人发生同样的状况时,归结给共同的客观原因,比如网速太慢、电脑太烂;...[作者空间]

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