在微生态研究中，当我们做完16S或宏基因组测序等多样性测序后，想找出不同处理组之间差异物种或差异基因，一般常用的组...[作者空间]
经过前面几节的原始数据处理过程，得到了可以用于分析的数据，现在让我们开始微生物组数据分析可视化的第一步，绘制Alp...[作者空间]
参考文章：1.https://www.jianshu.com/p/c72bb359f050[https://www...[作者空间]
介绍 三元图通常用于三组数据两两比较，可以展示三组间的相对基因表达或者物种丰度等。 三元图是重心图的一种，它有三...[作者空间]
在之前的几篇文章里，介绍了如何整合dada2的分析结果，并且已经通过MicrobiotaProcess包转化为了p...[作者空间]
微生太扩增子分析系列第八节：QIIME2+Galaxy PICRUSt进行16S功能预测 扩增子测序是一种二代靶向...[作者空间]
导读 PICRUSt (Phylogenetic Investigation of Communities by ...[作者空间]
FAPROTAX是一款适用于对环境样本（如海洋、湖泊等）的生物地球化学循环过程（特别是碳、氢、氮、磷、硫等元素循环...[作者空间]
导读 用随机森林“分类”的方法寻找16S测序数据中与分组有关的细菌。 一、数据准备 标准化细菌丰度表格式要求：不用...[作者空间]
导读 MaAsLin（Multivariate Analysis by Linear Models，多变量线性回归...[作者空间]
导读 前面已经介绍了获取菌属相对丰度表的方法，以及多样性分析中的基本概念和计算方法。接下来将开始介绍一种寻找组间差...[作者空间]
导读 多样性分析是16S测序分析中常见的分析方法。本文旨在向初学者介绍多样性分析中alpha多样性和beta多样性...[作者空间]
导读 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将...[作者空间]
导读 宏基因组分析分为物种分析和功能分析两大块。物种组成分析是物种分析中最基本最常见的分析方法。利用R语言堆叠图，...[作者空间]
网络分析背景知识 图是一种数据结构 图结构：是研究数据元素之间的多对多的关系。在这种结构中，任意两个元素之间可能存...[作者空间]
