本节概览：1.GSVA简单介绍2.基因集的下载读取: 手动与msigdbr包下载3.GSVA的运行4.limma差...[作者空间]
Estimating Microenvironment from Spatial Data NICHES is a...[作者空间]
这一篇，我们继续总结，这里用到的PPT是我给产品技术培训用的PPT，当然了，有一些内容一笔带过，有的地方详细讲了讲...[作者空间]
EnhancedVolcano包可根据差异分析结果，基于ggplot2绘图结构，方便地绘制美观的火山图，下面根据自...[作者空间]
今天我们还有复习一下stlearn，很棒的软件 stSME clustering tutorial(空间平滑) s...[作者空间]
接近年底了，又是一年，不知道大家这一年都挣了点什么，问了一圈，还挣得五花八门，有挣个毛的，有挣个锤子的，有挣个鸟的...[作者空间]
前面我们分享了使用clusterProfile包进行功能富集分析，以及相关图形的绘制的教程clusterProfi...[作者空间]
一、seurat执行差异表达分析 根据单细胞数据预处理的方式不同（lognormalize和sctransform...[作者空间]
author：小杜的生信筆記 DEseq2官方网址：http://www.bioconductor.org/pac...[作者空间]
1.R程序并行运算和调整R内部允许的对象大小的限制 默认是500 * 1024 ^ 2 = 500 Mb futu...[作者空间]
hello，大家好，抓住这一周最后的小尾巴，给大家汇总一下我们单细胞数据寻找差异基因的22种方法，之前我分享的一篇...[作者空间]
Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Reveals Im...[作者空间]
![[富集分析] 2、clusterprofile富集分析--上游分](https://img.haomeiwen.com/is20354525/9955256ec815a804.png)
1、富集分析的背景知识 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/...[作者空间]
ORA富集分析只需要提供差异基因列表，GSEA富集分析还需要提供对应差异倍数信息。但二者都是基于差异分析得到的结果...[作者空间]
Seurat是分析单细胞数据一个非常好用的包，自带非常优秀的绘图函数，见Seurat绘图函数总结[https://...[作者空间]
发了几次总是被锁定，哎，再发一次吧 04 单细胞测序质量控制 https://mp.weixin.qq.com/...[作者空间]
这里不直接用ggplot2画，因为要做差异分析，所以直接用ggpubr step0.数据读取 load("Type...[作者空间]
做差异分析需要的数据：表达矩阵和分组信息TCGA的数据只要表达矩阵就够了，因为其TCGA的样本ID比较特殊，样本I...[作者空间]
时代的洪流奔涌而至，单细胞技术也从旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家。雪崩的时候，没有一片雪花是无辜的，你我也从素不相...[作者空间]
