所有的分析都需要对snp进行LD过滤 常见的群体结构的分析方法有admixture分析、系统发生数分析以及主成分分...[作者空间]
写在前面 写这个贴子纯粹为了记录一下自己的双面打工人的生活，然后再总结一下自己的工作方法还有哪些地方存在问题，希望...[作者空间]
目前网上的教程大多是模式植物，或者是非模式物种的重新构建的教程。今天分享一个新的方法，对非模式植物研究中获得的基因...[作者空间]
DNAcopy包主要用于分析测量DNA 拷贝数的芯片数据(Comparative Genomic Hybridiz...[作者空间]
MapQTL是一款用于分析二倍体物种实验群体中数量性状位点(QTL)的Windows计算机程序，对于用户比较友好，...[作者空间]
GWAS分析中，找到显著性SNP，需要注释，才能找到候选的基因。 什么是注释呢？我们知道，GWAS的依据是snp与...[作者空间]
使用Q矩阵作为协变量使用emmax进行GWAS分析 数据准备 1.上个推文中vcf转的tped文件snp_filt...[作者空间]
初次接触生物的朋友，通过前期的构建进化树学习已经学会构建系统进化树了，但是这样的进化树只能作为一个简单的草图进行展...[作者空间]
介绍如何使用SNP数据进行GWAS分析，软件选择为emmax和tassel。 软件选择 emmaxplinkqqm...[作者空间]
混合线性模型MLM：GLM模型中，如果两个表型差异很大，但群体本身还含有其他的遗传差异（如地域等），则那些与该表型...[作者空间]
蛋白质都是由相似的小型结构域组成的。如果我们有若干个已知的蛋白序列，那我们就可以根据这些蛋白序列比较其含有的保守域...[作者空间]
进化论 - 达尔文进化论 生物物种存在广泛变异 自然选择，适者生存和繁殖，不适者淘汰 生命是单起源的 - 中性学说...[作者空间]
LD概念 连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)也叫等位基因关联，是指不同座位的两个等...[作者空间]
Structure分析 Structure分析使用了与进化树和PCA截然不同的算法，所以能够解决后两者不能解决的问...[作者空间]
PCA PCA(Principal Components Analysis)即主成分分析，也称主分量分析或主成分回...[作者空间]
概念基因型（Genotype）：指某一生物体全部基因信息的总称，反映生物体的遗传构成，遗传学中具体使用的基因型往往...[作者空间]
使用 �annovar对 SNP和 INDEL 进行功能注释，查看变异对基因结构和功能的影响。 ANNOVAR是一...[作者空间]
