写在前面 之前介绍过使用EggNOG-mapper对非模式物种快速完成KEGG注释的推文https://mp.we...[作者空间]
前面我们分享了使用clusterProfile包进行功能富集分析，以及相关图形的绘制的教程clusterProfi...[作者空间]
前言 接下来我们要介绍的是 RNA-seq 数据的处理分析流程，根据 RNA-seq 测序技术的不同，可以分为三种...[作者空间]
Y叔的clusterProfiler迎来了4.0版本，并发表在了《The Innovation》杂志上。 1.GO...[作者空间]
前言 对跨物种的RNA-seq进行标准化和差异分析已知是一个问题，而目前对此类问题的相关研究还比较少，有用RPKM...[作者空间]
最近在做样品比较多的转录组分析项目，有部分样品bam文件极大。所以导致用featurecounts去进行基因的co...[作者空间]
stringtie官网[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.s...[作者空间]
这是RNA-seq上游分析的最后一站，seq数据定量。这一篇文章会介绍基于k-mer定量两软件：kallisto和...[作者空间]
一、新基因发掘 基于所选参考基因组序列，使用StringTie软件对Mapped Reads进行拼接，并与原有的基...[作者空间]
做转录组一般拿到基因表达矩阵之后工作即可开始做差异分析，在此之前还有一步就是对矩阵做标准化，常见的几种RPKM、F...[作者空间]
Salmon应用 查看帮助文档 Quasi-mapping-based mode (including light...[作者空间]
目录 1. 标准化 1.1. House-keeping gene(s) 1.2. spike-in 1.3. C...[作者空间]
一、安装软件 1、HISAT2 将reads比对到基因组上 2、StringTie 将比对好的reads进行拼装并...[作者空间]
进行WGCNA要注意，WGCNA输入（INPUT）的是：行对应着一个样品，列对应着探针的矩阵或者数据框。 0 数据...[作者空间]
主要介绍跳过比对直接进行定量的三个软件的资料链接及比较 (Alignment-free RNA quantific...[作者空间]
通过前期的基因定量，我们通过**RSEM**或者Kallisto这些工具得到了每个基因或者转录本的表达量矩阵。输出...[作者空间]
首先trinity生成的fasta文件 安装Transdecoder（我是通过conda安装的，也可以去下载安装包...[作者空间]
htseq实在太慢了，尝试一下featureCounts1.下载安装https://sourceforge.net...[作者空间]
