之前分析TCGA数据都是直接匹配barcode，其规则懂的不多。相信有不少同志也有这方面困惑。 这里给出两份资料，...[作者空间]
survminer包的ggsurvplot()函数可以画好看的生存分析曲线，也可以用分面的方法分面绘制多组图片（教...[作者空间]
前言 前面，我们介绍过了差异基因的功能富集分析，今天，我们对这部分的内容作一些补充 主要介绍一下 GEVA、ssG...[作者空间]
综合简书作者们的文章以及自己操作，综合整理如下，以备后面使用。有问题欢迎交流Robust enumeration ...[作者空间]
前言 近年来，随着免疫检查点抑制剂的兴起，大大改变了传统的肿瘤治疗策略，尽管 PD-L1 和 dMMR 的检测都获...[作者空间]
前言 通常，在识别完了差异基因之后，都会对差异基因进行功能富集，来获取差异基因参与的潜在生物学功能通路或生物学进程...[作者空间]
生存模型的构建方法包括：1. Lasso回归；2. Cox多因素回归；3. 随机森林；4. 支持向量机 可以把lo...[作者空间]
estimate包可以通过RNA-seq的数据来计算标本的免疫及机制评分，进而评估肿瘤的纯度，其原理通过特征的肿瘤...[作者空间]
任意基因的任意分组比较是生信技能树[生信爆款入门课程]TCGA数据挖掘部分提到的一个重点。为拓展课堂所学知识，现在...[作者空间]
开门见山，直接上图 TCGA barcode 是TCGA项目中生物样本数据的主要标识符，接触过TCGA数据的人想必...[作者空间]
上一篇已经写了从TCGA下载的甲基化数据的格式。那么我想要知道某一个基因的甲基化情况要怎么办呢？1、对下载数据放入...[作者空间]
我的天，第一次接触甲基化数据，真是令人头大。那就先从TCGA上下载某一种癌症的甲基化数据开始吧。1、下载。数据的下...[作者空间]
下载TCGA FPKM数据 下载TCGA临床数据 XENA官网下载整合好的数据 整理表达矩阵 提取mRNA和gen...[作者空间]
这两天“王院长”帮别人分析snv数据，顺便给我推荐了一个R包：maftools。我看了一下官网，感觉是个非常强大的...[作者空间]
mRNA的提取 lncRNA的提取[作者空间]
R包和数据加载 deseq2 edgeR limma 3大R包对比 火山图和热图 韦恩图[作者空间]
创建文件夹 建立临床信息 建立表达矩阵 过滤 分组信息[作者空间]
