之前分析TCGA数据都是直接匹配barcode,其规则懂的不多。相信有不少同志也有这方面困惑。 这里给出两份资料,...[作者空间]
survminer包的ggsurvplot()函数可以画好看的生存分析曲线,也可以用分面的方法分面绘制多组图片(教...[作者空间]
前言 前面,我们介绍过了差异基因的功能富集分析,今天,我们对这部分的内容作一些补充 主要介绍一下 GEVA、ssG...[作者空间]
综合简书作者们的文章以及自己操作,综合整理如下,以备后面使用。有问题欢迎交流Robust enumeration ...[作者空间]
前言 近年来,随着免疫检查点抑制剂的兴起,大大改变了传统的肿瘤治疗策略,尽管 PD-L1 和 dMMR 的检测都获...[作者空间]
前言 通常,在识别完了差异基因之后,都会对差异基因进行功能富集,来获取差异基因参与的潜在生物学功能通路或生物学进程...[作者空间]
生存模型的构建方法包括:1. Lasso回归;2. Cox多因素回归;3. 随机森林;4. 支持向量机 可以把lo...[作者空间]
功能蛋白质组学是对蛋白质在功能活性水平(例如表达和修饰)的大规模研究。对诸如癌症等复杂疾病的研究表明,遗传改变并不...[作者空间]
随着测序技术的发展,每年测序数据量以PB级增长。随着海量测序数据的增长,越来越多的研究人员开始挖掘公共数据库中的测...[作者空间]
estimate包可以通过RNA-seq的数据来计算标本的免疫及机制评分,进而评估肿瘤的纯度,其原理通过特征的肿瘤...[作者空间]
任意基因的任意分组比较是生信技能树[生信爆款入门课程]TCGA数据挖掘部分提到的一个重点。为拓展课堂所学知识,现在...[作者空间]
开门见山,直接上图 TCGA barcode 是TCGA项目中生物样本数据的主要标识符,接触过TCGA数据的人想必...[作者空间]
上一篇已经写了从TCGA下载的甲基化数据的格式。那么我想要知道某一个基因的甲基化情况要怎么办呢?1、对下载数据放入...[作者空间]
我的天,第一次接触甲基化数据,真是令人头大。那就先从TCGA上下载某一种癌症的甲基化数据开始吧。1、下载。数据的下...[作者空间]
下载TCGA FPKM数据 下载TCGA临床数据 XENA官网下载整合好的数据 整理表达矩阵 提取mRNA和gen...[作者空间]
这两天“王院长”帮别人分析snv数据,顺便给我推荐了一个R包:maftools。我看了一下官网,感觉是个非常强大的...[作者空间]
简介:风险因子关联图常见于cox风险比例模型,常见于下图这种三图联合的展示形式,展示的是由cox风险模型区分出的高...[作者空间]
mRNA的提取 lncRNA的提取[作者空间]
R包和数据加载 deseq2 edgeR limma 3大R包对比 火山图和热图 韦恩图[作者空间]
创建文件夹 建立临床信息 建立表达矩阵 过滤 分组信息[作者空间]