hifiasm是一个能有效利用PacBio HiFi测序技术，在分型组装图(pahsed assembly gpr...[作者空间]
多倍化以及后续的基因丢失和二倍化现象存在于大部分的物种中, 是物种进化的重要动力。如果一个物种在演化过程中发生过多...[作者空间]
同源预测(homology prediction)利用近缘物种已知基因进行序列比对，找到同源序列。然后在同源序列的...[作者空间]
前言 最近的推文将是一个大系列，目录就不放了，可能会有点多，主要涉及了基因注释，比较基因组学分析，基因家族分析等，...[作者空间]
简介 SyRI，全称Synteny and Rearrangement Identifier，是一个使用 whol...[作者空间]
本文参考徐洲更hoptop 若有转录组，可从以下方面进行分析 1、 基于HISAT2 + StringTie 首先...[作者空间]
MAKER配置文件详解 本文翻译自http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER...[作者空间]
NextPolish是武汉未来组开发的一个三代基因组polish工具（另外一个常用软件是Pilon）。NextPo...[作者空间]
该工具和使用purge_haplogs处理基因组杂合区域类似，但速度更快。 purge_dups能够根据read深...[作者空间]
根据已有的蛋白库，对从基因组上提取到的蛋白序列进行比对，从而获得相应的信息。 常用的数据库： Nr：NCBI官方非...[作者空间]
关于3D-DNA，前面已经有简单介绍，本次主要介绍ALLHiC分析流程 ALLHiC的流程主要分为以下5个步骤： ...[作者空间]
GeneMarkGeorgia Institute of Technology开发的一系列基因预测工具。真核生物基...[作者空间]
1.基因组组装的流程 基因组组装的大概流程如下： (1) 测序得到raw reads序列。 (2) Reads质量...[作者空间]
导读 Canu可以组装PacBio或Nanopore三代测序数据。下面是Canu分任务处理PacBio数据的方法。...[作者空间]
基因组测序数据的从头组装过程：测序读段（reads) > contig > scaffold > chromoso...[作者空间]
GeneMarkGeorgia Institute of Technology开发的一系列基因预测工具。真核生物基...[作者空间]
准备训练集和测试集 根据Augutus的官方教程，可靠的基因结构序列的要求如下： 提供基因的编码部分，包含上游几K...[作者空间]
训练 ab initio 基因预测工具(以SNAP为例) 对于一个新的物种而言，你大概率是没有一个高质量的基因模型...[作者空间]
