串联法 orthofinder 已经生成好单拷贝基因串联的序列，可以直接使用。找到orthofinder 已经生成...[作者空间]
比较基因组分析，首先需要选定要比较的物种，然后下载这些物种的基因组数据。 基因组数据准备 数据准备1.基因结构注释...[作者空间]
影响因子：11.6关于单基因泛癌分析，我们已经介绍了很多。小编最近也筛选到一些结果比较好的基因，需要做深入分析的欢...[作者空间]
本文包括内容： 1. 基因长度定义 非冗余外显子(EXON)长度之和;挑选基因的最长转录本 ;选取多个转录本长度的...[作者空间]
蛋白质都是由相似的小型结构域组成的。如果我们有若干个已知的蛋白序列，那我们就可以根据这些蛋白序列比较其含有的保守域...[作者空间]
基因类型的鉴定 基因组组装和注释完成，得到配套的基因组和注释文件之后，可以利用gffread提取对应的gene，c...[作者空间]
OrthoFinder2算法解读 1）基因树的构建， 寻找序列之间的同源关系（相似度的计算）：diamond，bl...[作者空间]
今天介绍的小工具是Multi-omics Hammer的ptree_rename功能，主要用于批量修改进化树节点的...[作者空间]
方法一、 少数基因可以利用网站直接进行替换 主要用的网站ensemble plant Hordeum_vulgar...[作者空间]
R包-ggtreeExtra绘制进化树 ggplot2提供的geom_tile图层可以画热图了，ggplot2的g...[作者空间]
欢迎关注R语言数据分析指南 最近在做一个基因家族的数据分析，整理了一下以前的笔记，本节通过水稻的案例来介绍如何计算...[作者空间]
实验目的：比较基因组学，从基因组获取单拷贝基因，并构建有根的进化树，并估计分化时间，最终画出有分化时间的进化树实验...[作者空间]
水稻常用数据库介绍 近几年随着测序数据量呈井喷式增长，涌现出一大批优秀的数据库。而水稻和拟南芥分别作为植物...[作者空间]
一、PWM与PFM的介绍 motif指的是转录因子偏好结合的DNA序列模式或RNA结合蛋白偏好结合的序列模式，一般...[作者空间]
关于JCVI的使用，唐老师在github上已经有很详细的介绍，网络上也有很多教程。我写这篇文章的主要目的是记录自己...[作者空间]
基本概念 相似性（similarity） 一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其他一些合适的度量 如...[作者空间]
一、背景资料 进化树（evolutionary tree）又名系统树（phylogenetie tree）进化树，...[作者空间]
