最近尝试在线使用UCSC Genome Browser进行转录本的可视化，原以为它会和本地IGV的使用差不多，没想...[作者空间]
本节概览1. WGCNA基本概念：定义、关键术语、基本流程、一些注意事项2. WGCNA运行：⓪输入数据准备①判断...[作者空间]
本节概览：1. Cytoscape 软件基本介绍2. 数据导入：蛋白互作节点信息导入、其他注释信息的导入3. PP...[作者空间]
本节概览：1.STRING数据库基本介绍2.STRING R语言版——STRINGdb的使用：STRINGdb数据...[作者空间]
前言：进行RNA-seq入门实战首先需要有一定的linux与R基础，推荐跟着B站生信技能树-jimmy老师学习打牢...[作者空间]
本节概览：1.GSVA简单介绍2.基因集的下载读取: 手动与msigdbr包下载3.GSVA的运行4.limma差...[作者空间]
本节概览：1.GSEA简单介绍2.创建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENT...[作者空间]
本节概览：1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用cluste...[作者空间]
本节概览：1.DESeq2、 edgeR、limma的使用2.三类差异分析软件的结果比较——相关性、韦恩图3.选取...[作者空间]
本节概览：数据预处理, 进行样本间具有可比性boxplot查看样本的基因整体表达情况查看不同分组的聚类情况：样本h...[作者空间]
本节概览：从featureCounts输出文件中获取counts与TPM矩阵:读取counts.txt构建coun...[作者空间]
在RNA-seq或芯片数据下游分析中经常遇到需要将基因表达矩阵行名的ensembl_id ( gene_id ) ...[作者空间]
本节概览：hisat2 + featureCounts:获取hisat2索引文件，hisat2比对和samtool...[作者空间]
本节概览：1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号2.在linux...[作者空间]
在RNAseq的下游分析中，一般都会将上游处理完得到的原始counts数转变为FPKM/RPKM或是TPM来进行后...[作者空间]
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly expla...[作者空间]
