最近刚返校，事情比较多，每天也很忙，之前写的《基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）》也一直没来得及更新，缺...[作者空间]
一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citru...[作者空间]
基因家族扩张和收缩分析 基因家族的扩张和收缩分析一般会使用orthoMCL进行同源基因识别，然后选择直系同源基因进...[作者空间]
在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点，轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。 基因...[作者空间]
1. 注释： 单行注释 有快捷键crtl+/ """ 第一行注释 第二行注释 第三行注释 """ ''' 第一行注...[作者空间]
从NCBI下载一个物种的基因组文件。假设我们要下载一个叫做Tetranychus urticae的物种，首先在NC...[作者空间]
在上一篇简书中，我总结了如何下载数据链接如下：[公共数据库挖掘之利用R语言下载并整理GEO数据] https://...[作者空间]
因为是初次利用R包进行下载数据，其中遇到了各种问题，重装了几个R，终于可以顺利下载文件了。现在把过程整理总结如下，...[作者空间]
在R文本编辑器中输入数据 提取前5行 提取“Sepal.Length","Sepal.Width”两列的前5行 指...[作者空间]
这是根据我之前学习R的系列总结 新建6个向量，基于不同的原子类型。（重点是字符串，数值，逻辑值） 显示目前所在位置...[作者空间]
利用orthofinder分析基因家族后，可以获得genetree和speciestree 结果。我们可以利用R包...[作者空间]
这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据： 1.统计reads...[作者空间]
1. 在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列。 2. 在创建好的文件夹下面...[作者空间]
生物信息学分析和作图是科研狗们的必备技能。近几年，随着数据类型的增多，excel、SPSS等常用软件已经不能满足科...[作者空间]
