这里是佳奥!继续转录组分析的学习。 一般我们都是从.fq文件开始的,但是如果是自己寻找数据的话,要多一步骤。 1 ...[作者空间]
一、质控 前面我们从GEO下好了SRA数据并转换为fastq文件,现在需要对fastq文件进行质控,这里用的软件为...[作者空间]
对RNAsq的read count数据进行PCA分析 目的:PCA分析可以得到样本之间的相关性和离散程度。 内容:...[作者空间]
前言:进行RNA-seq入门实战首先需要有一定的linux与R基础,推荐跟着B站生信技能树-jimmy老师学习打牢...[作者空间]
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly expla...[作者空间]
在之前的学习和练习里,比对这一步我使用过bowtie2(DNA比对)和hisat2(RNA-seq比对),现在学习...[作者空间]
差异表达分析内容:• 基因表达量的标准化方法及可视化➢ counts,RPKM,FPKM,TPM➢ PCA图、热图...[作者空间]
转录组有参分析之STAR比对及可变剪切 STAR比对的特点: 速度快 准确度高 3'reads soft clip...[作者空间]
fastq-dump是常用用来下载NCBI原始测序SRA数据的工具,但是它的参数也是比较杂乱,我根据查到的数据说下...[作者空间]