单细胞系列教程目录索引,持续更新...[https://www.jianshu.com/p/98fc6c80c21...[作者空间]
根据前述教程,我们已经完成了Seurat对象的构建-质控-降维-聚类。最终得到了细胞的分群如下: 那么接下来我们就...[作者空间]
关于Seurat对象的构建请参考:01.单细胞入门-Seurat对象创建[https://www.jianshu....[作者空间]
单细胞测序下游原始文件主要以三种形式在GEO存储 针对三种不同的存储形式分别对应不同的seurat对象创建方式 1...[作者空间]
关于infercnv的输入文件整理和运行参数参考01.infercnv-区分肿瘤样本中的正常上皮细胞-inferc...[作者空间]
参考文献Therapy-Induced Evolution of Human Lung Cancer Reveal...[作者空间]
单细胞绘图系列: Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e8...[作者空间]
筛选标准 1.主成分累积贡献大于90%2.PC本身对方差贡献小于5%3.两个连续PCs之间差异小于0.1% 转载来...[作者空间]
单细胞富集分析系列: 单细胞之富集分析-1:单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com...[作者空间]
既往主要下载方法3种,wget、ascp,sra-tools(prefetch).ascp:速度快wget:不稳定...[作者空间]
时代的洪流奔涌而至,单细胞技术也从旧时王谢堂前燕,飞入寻常百姓家。雪崩的时候,没有一片雪花是无辜的,你我也从素不相...[作者空间]
1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后,矩阵默认会变成SCT矩阵,如果不...[作者空间]