操作系统:Win7perl: Strawberryperl 由于circos 软件使用的perl 语言系统编译的,...[作者空间]
rules是circos中的一种黑魔法,可以在不改变数据的情况下,对展现形式进行调整。rules代表规则,本质上就...[作者空间]
chromosomes_display_default chromosomes chromosomes_rever...[作者空间]
颜色属性是circos中使用频率最高的属性,由colors这个block进行设置,默认的配置文件为etc/circ...[作者空间]
在circos中,fonts, colors, patterns这3个系统内置的block, 通过同一个配置文件引...[作者空间]
image这个block是circos内置的block之一,其配置文件为软件安装目录下的etc/image.con...[作者空间]
对于links而言,默认情况下所有的links 都是同一种颜色,通过color属性指定。当我们想要构建出彩色的li...[作者空间]
在展示染色体信息时,如果想要重点展示其中某一段区域的信息,可以借助zooms来实现。zooms起到一个伸缩的功能,...[作者空间]
在官网提供的配置文件示例中,经常会见到pattern这个参数。这个参数的作用和fill_color类似,都用于指定...[作者空间]
在之前的文章,我们介绍了如何使用histograms来构建普通的柱状图,今天看下如何构建堆积柱状图。 先来看一个堆...[作者空间]
connector 用于展示基因组上两个位置之间的关系,通过一套折线将两个位置连接起来,示例如下 靠近染色体的折线...[作者空间]
heatmap将一系列的数值映射到一个颜色梯度中,是最常用的图表之一。在circos中,通过plot这个block...[作者空间]
tile用来展示基因组上区域的分布,和之前介绍过的highlight不同,这些区域在图中并不是位于同一层的。为了避...[作者空间]
histograms可以看做是line plot的一个变种,首先来看一个示例 图中最内圈的就是historgams...[作者空间]
line plot在circos中的用法比较简单,示例如下: 对于折线图而言,调整外观的属性有以下4个 1. th...[作者空间]
plots这个block 中,支持许多的图表类型,scatter plot是最常用的一种。用法如下: 关于file...[作者空间]
highlights用于展示基因组上特定的区域的分布,通常情况下,还需要展示不同区域之间的关联,比如融合基因,CN...[作者空间]