写在前面 最近碰到点需求，了解一下其他植物的病害和抗性基因，于是检索了生物互作数据库，发现了Phibase和...[作者空间]
水稻常用数据库介绍 近几年随着测序数据量呈井喷式增长，涌现出一大批优秀的数据库。而水稻和拟南芥分别作为植物...[作者空间]
写在前面从NCBI下载的注释文件通常是gbff格式的，而我们平时做上游分析用到的大多数为gff或gtf文件，那么这...[作者空间]
写在前面IGV能够将基因组的变异情况可视化，因此广泛应用于基因组学的研究中。下面我以windows下的IGV为例，...[作者空间]
写在前面要让从基因组中获取信息变得像喝水那样简单。 --by zhougengxu 预先准备 我以水稻基因组...[作者空间]
在线链接 https://wurmlab.github.io/genomicscourse/2016-SIB/pr...[作者空间]
写在前面 jcvi是福建农林大学的唐海宝老师开发的一款针对基因组处理的高效工具，学好这一个工具可以解决80%以上遇...[作者空间]
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![复现文章中的基因进化树[MUSCLE+FastTree]](https://img.haomeiwen.com/is19527700/7c625fdd31784730.png)
写在前面 复现文章中的figure是检验自己是否完全掌握工具的使用最重要的方式，下面我以2019年南京大学杨四海老...[作者空间]
写在前面 转录组通常被用来寻找差异基因，但是有的时候我们想看一下已报道的基因是否存在可变剪切现象，即新转录本的挖掘...[作者空间]
水稻的基因号大致分为两类，一类是RAP号，格式为“Os-Chr-g-number”，另一类是MSU号，格式为“LO...[作者空间]
写在前面 通常我们碰到的是，根据gff文件提取cDNA序列，这个比较容易满足，但是有时候我们需要构建native ...[作者空间]
写在前面 做基因功能的人都会特别注意基因上有什么功能结构域，通常我们认为，结构域决定了这个基因的功能。随着高通量测...[作者空间]
Prokka 的使用 Prokka可以对原核基因组和宏基因组进行快速的功能注释。 参考资料： http://blo...[作者空间]
我是使用OrthoFinder构建的物种进化树，前期的参数解读及设置，详情请看我师兄的简书：https://www...[作者空间]
