Synteny and Rearrangement Identifier (Syri), 鉴定基因组间SV。以全基...[作者空间]
目录 前言[https://www.jianshu.com/p/729673778e43] 方法简介[https:...[作者空间]
群体进化与选择信号：●生活在世界不同区域的生物群体在历史长河中经历千万年的自然选择、人工驯化、迁徙、遗传漂变等事件...[作者空间]
在群体遗传学分析中，我们经常会碰到关于连锁不平衡的问题，当然计算连锁不平衡的软件有很多，包括plink2、hapl...[作者空间]
有许多不同的统计量可以衡量差异选择的区域或基因渗入障碍的区域。这里介绍常用的四个统计量的计算： pi, 衡量遗传多...[作者空间]
ADMIXTOOLS是David Reich实验室开发的软件包，在群体遗传学中，用于计算和测试群体混合统计，验证杂...[作者空间]
1. 群体演化历史分析的案例： 群体演化包括有效群体大小(Ne)变化、基因流，迁徙，分化等，会对等位基因频率产生显...[作者空间]
ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具，可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比，它的速度更快...[作者空间]
书接上文，我们得到了每个群体（上文没提到，简单说一下，不同群体受选择基因不同，要分群体来做）受选择基因的ID，接下...[作者空间]
书归正题，我们这次一起来学习一下受选择基因的筛选和富集。做这一方面有很多方法，比如结合Fst,pi,tajimaD...[作者空间]
在线链接 https://wurmlab.github.io/genomicscourse/2016-SIB/pr...[作者空间]
今天要模仿的图片来自于论文 Core gut microbial communities are maintain...[作者空间]
annovar简介 在我们做重测序，或者比较基因组学分析的时候，我们往往在call snp或者indel的时候，需...[作者空间]
当我们进行群体分析时，获得vcf文件后，可以根据变异位点对这些样本进行PCA分析，现简单介绍 1、软件安装 2、简...[作者空间]
目标 通过varscan等找到somatic mutations之后，想看多个样本的突变之间的交集。bcftool...[作者空间]
主成分分析(PCA)是一种线性降维方法，能从纷繁复杂的数据中抽离出关键因素，用来区分不同的样本。这里我们不谈PCA...[作者空间]
https://github.com/mmatschiner/tutorials 在github上看到一个关于ph...[作者空间]
如何用经过格式转换形成的bed,bim,fam格式的文件绘制简单的structure图呢？下面将开始介绍admix...[作者空间]
要查找两个vcf文件的不同位点，使用vcftools的 --diff语句。但是遇到一个问题，有两个文件不同时存在的...[作者空间]
