缘起：课题组需要组装一批物种的matK、rbcL与ITS分子标记，用于后续的生态学研究。 对于matK、r...[作者空间]
数据准备GeneCount文件包含了所有同源基因组数目不为1的所有基因组，在各个样本中的数目；Unassigned...[作者空间]
准备物种树和基因树，主要物种树和基因树要保持一致 1. 物种树 （可以用ofrthofinder获得） 2. 基因...[作者空间]
参考：利用orthofinder寻找单拷贝基因构建系统发育树 - 简书 (jianshu.com)[https:/...[作者空间]
基因类型的鉴定 基因组组装和注释完成，得到配套的基因组和注释文件之后，可以利用gffread提取对应的gene，c...[作者空间]
以下内容参考了博客https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/12818888.html...[作者空间]
OrthoFinder2算法解读 1）基因树的构建， 寻找序列之间的同源关系（相似度的计算）：diamond，bl...[作者空间]
物种分歧时间估计的软件有： r8s[https://doi.org/10.1093/bioinformatics/...[作者空间]
基因家族的概念 基因家族 : 来源于同一个祖先，由一个基因通过基因复制而产生的两个或多个拷贝而构成的一组基因，他们...[作者空间]
使用软件：Geneious目的：对组装好的叶绿体基因组进行注释，注释好后进行查看，无误后绘制圈图 【注释部分】 1...[作者空间]
现在很多文章都关注4dtv位点，小编接下来分享下根据基因组以及gff3提取所有基因的4dtv位点的perl脚本： ...[作者空间]
本篇文章是为了记录本人在系统发育实验和数据分析过程中，所使用过的以及部分未使用但如雷贯耳的软件的集合。当然，相对于...[作者空间]
基本概念： 基因流（也称基因迁移） 是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的...[作者空间]
(1)Migrate-n （2)BayesASS3 (3)NewHybrids (4)parallelnewhyb...[作者空间]
选择压力及基因在进化过程中所受到的压力，也称自然选择。 在遗传学中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同义突变频...[作者空间]
用snpeff产出的vcf提取4DTv位点，用于构建进化树 转载自https://blog.csdn.net/u...[作者空间]
参考地址[https://www.jianshu.com/p/9d28de3d18e6]Ka/Ks和4DTv用于分...[作者空间]
最近刚返校，事情比较多，每天也很忙，之前写的《基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）》也一直没来得及更新，缺...[作者空间]
