GWAS分析基本流程及分析思路[https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/1012...[作者空间]
常见的群体结构的分析方法有admixture分析、系统发生数分析以及主成分分析等。 1、admixture分析 R...[作者空间]
看论文 Genomic insights into the origin, domestication and d...[作者空间]
来自英国的研究人员在《Science》发表了其最新研究成果,提供了迄今为止最全面的人类基因多样性分析。研究人员通过...[作者空间]
群体进化与选择信号:●生活在世界不同区域的生物群体在历史长河中经历千万年的自然选择、人工驯化、迁徙、遗传漂变等事件...[作者空间]
Apiolaza LA. Linking changes to breeding objectives and g...[作者空间]
基于群体遗传中变异信息文件VCF来分析PCA 第一种方法 可以使用plink软件直接进行分析 plink --vc...[作者空间]
概念回顾 Fst:群体间遗传分化指数,是种群分化和遗传距离的一种衡量方法,分化指数越大,差异越大。适用于亚群体间多...[作者空间]
群体进化分析入门必名词解释(出处: 生信技能树) 1. 等位基因频率: 在一个群体中,某类等位基因占该基因位点上全...[作者空间]
Structure分析当然最经典的软件就是STRUCTURE。但Structure分析还有其他软件可以选择: AD...[作者空间]
介绍 什么是structure图? 如果你有看过群体遗传相关的文章,你对它肯定不会陌生。对那些还没有接触过的同学,...[作者空间]
PCA通过线性变换/基变换,将原始数据变换为一组各维度线性无关的表示,可用于提取数据的主要特征分量对高维数据进行降...[作者空间]
常用的工具 PCA分析中常用的工具有GCTA中的PCA模块,老牌的软件EIGENSOFT中的smartpca,还有...[作者空间]
PCA概念介绍 PCA 全称是Principal Component Analysis,又叫做主成分析。是一种分析...[作者空间]
背景 群体遗传学中测出很多个个体,得到了最终的SNP vcf文件,需要将其分成群体,看哪几个物种聚在一起。一般使用...[作者空间]
之前在公众号里已经粗略的介绍过一个怎么用snp callingc出来 的vcf文件画进化树之前见过师兄师姐们用蛋白...[作者空间]
当你构建完系统进化树,你当然是想让他变得美美哒,最后是能达到发CNS的level。 下面简单给大家介绍两个比较好用...[作者空间]
如果根据SNP或者Indel 构建其系统进化树,可以展示群体中不同个体的相互关系,基因变异相似的往往会在同一个树的...[作者空间]
系统发育学概念 系统发生(或种系发生、系统发育,phylogeny)是指生物形成或进化的历史。系统发生学(phyl...[作者空间]
什么是高通量测序? 高通量测序技术(High-throughput sequencing,HTS)是对传统Sang...[作者空间]