全基因组复制 全基因组复制事件是物种的染色体由于某种原因整体复制加倍的事件； 大多数被子植物都经历过多倍化事件； ...[作者空间]
BUSCO的主页 https://busco.ezlab.org/[https://busco.ezlab.org...[作者空间]
jcvi网址：MCscan (Python version) · tanghaibao/jcvi Wiki · G...[作者空间]
JupiterPlot下载地址：https://github.com/JustinChu/JupiterPlot[...[作者空间]
1、前期准备 第一步, 获取repeat注释结果，使用RepeatMasker对基因组进行repeat分析，可以得到以out结尾的文件，命令行如下： 第二步，获取关心TE类型...[作者空间]
中性理论 中性理论认为，我们今天观察到的遗传变异——无论是种内多态性还是种间分歧，均不取决于自然选择所驱动的有利突...[作者空间]
共线性 共线性片段是指一个同一个物种内部或者两个物种之间，由基因组复制、染色体复制、大片段复制以及物种分化而产生的...[作者空间]
基因家族指来自诸多物种的MRCA（Most Recent Common Ancestor，最近共同祖先）的同一个始...[作者空间]
OrthoVenn2 OrthoVenn2是一个网页版的基因家族聚类工具，它基于OrthoMCL。选择要分析的物种...[作者空间]
比较基因组分析，首先需要选定要比较的物种，然后下载这些物种的基因组数据。 基因组数据准备 数据准备1.基因结构注释...[作者空间]
比较基因组学之共线性工具JCVI安装及使用 jcvi及依赖的安装 $ conda create -n jcvi -...[作者空间]
cafe自带的程序，只能单独标注扩增或者收缩的基因家族数。手工标注又很麻烦，所以我写了一个R程序，虽然图不够精致，...[作者空间]
Hi-C 技术原理 Hi-C是染色质区域捕获（Chromosome conformation capture）与高...[作者空间]
背景 基因组测序现在已经成为生物学研究的一个重要手段，基因组的杂合度和重复序列对后续基因组组装有很大的影响。高杂合...[作者空间]
由于HIC数据目前很难用一个软件就能将全套流程全部分析完，从数据预处理到后续的TAD计算，loop计算等需要用到众...[作者空间]
Hi-C fastq data to valid pair and matrix data format tran...[作者空间]
导读 本文将介绍T2T基因组，并提供一份基因组组装的资料，其中包含：基因组组装数据和组装策略介绍；染色体水平基因组...[作者空间]
基因组组装完成后，可通过N50或者BUSCO，以及LAI评估组装质量。本文就LAI方法做一简单介绍。 基因组中的重...[作者空间]
