1.前期准备 构建贝叶斯树需要用到的软件有phylosuite(序列准备)、iqtree2(最适模型查找)、mrb...[作者空间]
基本概念 相似性(similarity) 一种很直接的数量关系,比如部分相同或相似的百分比或其他一些合适的度量 如...[作者空间]
0. 首先需要获取基因的相对丰度表,这里可以略参考 宏基因组-(1)基因预测与基因相对丰度[https://www...[作者空间]
文献标题:Count: evolutionary analysis of phylogenetic profile...[作者空间]
本文章将介绍 ①类blast软件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比较 ②blast、mmse...[作者空间]
导读 humann中有一个模块可以进行基因物种来源分析,但是内部怎么分析的。如果能获得每个物种的基因序列文件,那么...[作者空间]
利用diamond比对数据 注意:diamond在无root权限的linux运行比对命令时需要加参数-t /dev...[作者空间]
测序数据预处理——质控:Trimmomatic 测序数据预处理——质控统计:FastQC 序列组装与基因预测——拼...[作者空间]
提到寻找物种之间的同源基因,大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/ortho...[作者空间]
目录介绍环境配置OrthoMCL使用统计聚类结果最后 介绍 OrthoMCL是一款直系同源基因聚类软件, 它不仅能...[作者空间]