基因流(也称基因迁移)是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质,从而改变群体“基因库”的组成。通过基因...[作者空间]
Fst值的计算 群体间分化指数fst,取值范围0~1,值越大表明群体间分化程度越高,亲缘关系越远。 这个窗口大小和...[作者空间]
群体结构是指材料的亚群分化情况,会导致标记间的非连锁关联,进而导致关联分析结果出现假阳性。 地理隔离、人工选择、移...[作者空间]
需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件...[作者空间]
书归正题,我们这次一起来学习一下受选择基因的筛选和富集。做这一方面有很多方法,比如结合Fst,pi,tajimaD...[作者空间]
单倍型,即单倍体基因型,概念很好理解。 单倍型分型的过程就称之Phasing,定相或基因分型。 Phasing的意...[作者空间]
最近在看论文 Phased diploid genome assemblies and pan-genomes p...[作者空间]
一、转载https://blog.csdn.net/yangl7/article/details/10932364...[作者空间]
SNPs marker是全基因组范围应用广泛的分子标记,本文介绍生态基因组学中利用GATK4软件进行SNPs ca...[作者空间]
当我们进行群体分析时,获得vcf文件后,可以根据变异位点对这些样本进行PCA分析,现简单介绍 1、软件安装 2、简...[作者空间]
随着测序成本越来越低,测序技术越发先进,除了研究单核苷酸多态性(SNP)。研究者们开始慢慢将目光转向了结构变异(S...[作者空间]
使用snpEff分为两种情况,一种是snpEff已经构建了相应的数据集(例如人类和小鼠),另一种是则是snpEff...[作者空间]
在基因组注释中第一步就是重复序列的屏蔽,目前常用的从头注释pipeline就是RepeatModeler + Re...[作者空间]