作者，Evil Genius
今天我们来更新数据分析的脚本。
细胞分割之前分享过，有三种分割方法，细胞核分割，细胞核扩展分割，细胞分割，其中我们想要的效果是细胞分割，但是现在技术最成熟的是细胞核分割。
关于10X HD数据的图像分割，10X官方推荐的是Stardist分析方法，但是需要btf的高精度格式图片。
参考链接在https://www.10xgenomics.com/analysis-guides/segmentation-visium-hd。
推荐的分析过程也是相当复杂，分析方法是Stardist。
包括出现的STHD的分析方法，也是需要btf格式的图片。
为什么非要推荐btf图片呢？因为btf是32位图片，tiff是64位图片，数据格式越简单，效果越好。
对于Xenium数据，图片格式是DAPI image（染核），所进行的分割模式为核扩展分割。
那么拿到tiff图片的HD数据应该如何分割？
最新的、公司大多数做的采用bin2cell的核分割，文章在Bin2cell reconstructs cells from high resolution Visium HD data | Bioinformatics | Oxford Academic，bin2cell的本质还是StarDist的细胞核分割。
示例代码在https://github.com/Teichlab/bin2cell。
其中最关键的地方在bin2cell需要的是tiff格式的图片。
至于bin2cell的效果如何，就看大家项目做的怎么样了。
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