Linux基本操作

1. 复制：选中，鼠标左键点一下
2. 粘贴：鼠标右键点一下
3. 自动补全：tab键
4. miniconda的下载：百度/谷歌搜索“miniconda”（是英文网站）=》你会看到linux下面有64-bit、32-bit两种版本=〉接下来，查看自己服务器是多少位的=》安装python3.6对应的版本=〉右键-复制下载链接（linux）

压缩软件

1. 检查有无bzip2
   bzip2
2. 安装bzip2
   yum install -y bzip2

使用minicoda下载软件

下载安装minicoda

1. 进入指定目录
   cd 目录名
2. 下载文件

#复制文件下载地址
wget 目标软件的地址

3. 安装文件

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
#用bash运行这个安装用的脚本，脚本就是你刚才下载的东西
#一路enter和yes

4. 激活conda
   source ~/.bashrc
5. 验证conda是否安装成功
   conda

添加国内镜像(目的是加快软件下载速度)

把下面的代码一行一行复制到命令行，粘贴、回车

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

运行conda

1. 查看所有软件列表
   conda list
2. 搜索软件【这里以数据质控软件fastqc为例】
   conda search fastqc
3. 安装软件

conda install fastqc -y
#-y表明是自动安装，可以去掉
#默认安装最新版本

4. 安装指定版本软件
   conda install fastqc=0.11.7 -y
5. 卸载软件
   conda remove fastqc -y

conda环境配置

1. 查看所有环境

conda info --envs
#前面带*的就是默认的

2. 建立一个名叫rna-seq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3. 激活conda环境
   source activate 环境名字
4. 卸载环境及软件

• 卸载某个软件
  conda remove -n 环境名字 软件名字 -y
• 全部卸载，也就是卸载这个环境
  conda remove -n 环境名字 --all