进化树格式--FigTree输入问题

简书中有一篇介绍进化树格式的文章：进化树作图专题1：Newick的前世今生 - 简书 (jianshu.com)

主要的进化树格式包括：

1，Newick

2，Nexus

3，phyloXML

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最简单的newick格式：(A,(B,(C,D)))

但是我们构建的进化树会标注枝长和支持度，不同的进化树展示软件所需的格式不同。

=》Mega需要的输入格式：

(A:0.0002,(B:0.0001,(C:0.00005,D:0.00005):0.000001[100]):0.0001[100])

=》FigTree需要的输入格式

(A:0.0002,(B:0.0001,(C:0.00005,D:0.00005)'100':0.000001)'100':0.0001)

注：单引号内为label显示的内容

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Astral软件不同的参数输出的进化树格式不同

-t 参数选择 3 进化树格式为

(Phet,(Osat,Bdis)0.79:0.05729414419360173)

-t 参数选择 2 进化树格式为

(Phet,(Osat,Bdis)'[q1=0.370116330114135;q2=0.3512949956101845;q3=0.2785886742756805;f1=198.38235294117635;f2=188.2941176470589;f3=149.32352941176475;pp1=0.784656422498212;pp2=0.19387066035577016;pp3=0.021472917146017793;QC=34;EN=536.0]':0.055661400343196964)

“2”格式可以在FigTree内展示。

“3”格式在FigTree和Mega内都不能展示，于是我写了个脚本进行转化,脚本保存在Git-hub上.

***********Astral输出的leaves上没有枝长，如何解决呢？********************