intron

作者: byejya | 来源:发表于2020-11-05 21:48 被阅读0次

获取位置唯一性

1.更新后由于同位置同名,可先据名获取唯一序列。

2

分号分割,第一个

1 2

这样的-u不起作用,可能需要uniq辅助? uniq需要输入文件是排序好的文件

不起作用。

注意到-k是区间,因此-k2,2是2列

参考 -k 2时 确实

确实按第二列排序,并且去重了。

因此:注意-k是范围。

2

明显消除重复

所用命令:

2

命令:sort -t ';' -k 2,2 -u >look

2

同intron15,只取.1的就可以。

2

马上不是

3 4

看来只能拼接最长片段。

3

用这段做例子

9 3

去掉开头结尾一致的,只剩在中间或者刚超出去一点的。

方法:

1

先按start排序,再按end排序,同end,start小的是短的,在前?同start,end小的是短的,在前

2

似乎是留下最后一个,即留下最大的。

2

方向不一样

2

寻找最长序列的方式:按start排序后,如果前一条序列的end比后一条的start还大,那么把前一个的start拼接给后一条。如果后一条的end小于前一条,则不管。如果大于,并且后一个的start小于前一个的end,则将end拼接给前一个。

i=前一条

j=后一条

if i.end < j.start:

    write();

elif i.end > j.start:

    j=i.start,j.end

elif  jstart<i.end: 

    j=i.start,j.end

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