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2020-06-24 sed 替换通过边界锚定匹配位置,并保留边

2020-06-24 sed 替换通过边界锚定匹配位置,并保留边

作者: YPCHEN1992 | 来源:发表于2020-06-24 10:38 被阅读0次

需要处理文本如下,比对序列前的4个空格替换为tab键分割
msa.txt:

>XP_022282837.1
GBGT2_HUMAN     -------------------------------------MAQDLSEKDLLKMEVEQLKKEVKNTRIPISKAGKEIKEYVEAQAGNDPFLKGIP
GBGT2_BOVIN     -------------------------------------MAQELSEKELLKMEVEQLKKEVKNPRALISKTGKEIKDYVEAEAGNDPLLKGIP
GBGT2_MOUSE     -------------------------------------MAQDLSEKELLRMEVEQLKKEVKNPRDLISKTGKEIKDYVEAQAGTDPLLKGIP
XP_022282837.1  MYPCTLPAEINRRSVCYYHLLKSGKATPRTGQKMPVINIEDLTEKDKLKMEVDQLKKEVTLERMLVSKCCEEVRDYVEERSGEDPLVKGIP
GBG11_RAT       ---------------------------------MPALHIEDLPEKEKLKMEVEQLRKEVKLQRQQVSKCSEEIKNYIEERSGEDPLVKGIP

sed 命令行操作:

# 1. 不能直接替换空格,因为id和比对序列之间的空格数不定,最少为4个空格,最多为 4 + max([len(id)...])- min([len(id)...]), 所以需要借助有边界进行锚定
sed 's/    \([A-Z-]\)/\t\1/' msa.txt > msa.tsv # \(需要保留的字符\) # 需要保留的字符会被自动添加索引,只有一个为1,多个按照位置顺序

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