在安装TCGAbiolinks时竟然出现了安装R包之“俄罗斯套娃”现象。

library(pacman)
p_load(TCGAbiolinks)

问题

第一回合

缺少R.utils
既然缺R.utils，那咱就乖乖安装呗。

第二回合

缺少R.methodsS3和R.oo
又发现缺少R.methodsS3和R.oo依赖包，那就继续安装呗，手欠的我先安装了R.oo。

第三回合

缺少R.methodsS3

竟然发现R.oo依赖于R.methodsS3。

终极之战

remotes::install_github("HenrikBengtsson/R.methodsS3", ref="develop")
remotes::install_github("HenrikBengtsson/R.oo", ref="develop")
remotes::install_github("HenrikBengtsson/R.utils@develop")
BiocManager::install("TCGAbiolinks",ask = F,update = F,force = T)
library(TCGAbiolinks)

终极之战

你以为就这样结束了？不存在的事，这时候下载数据，你就会发现竟然报错。

TCGAbiolinks常见报错

TCGAbiolinks常见报错 代理相关的报错

这是又闹哪出呢？

变换TCGAbiolinks的按照方式即可。

devtools::install_github('BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks')

总结：安装R包时要有耐心，具体问题具体分析，不抛弃不放弃，总会安装成功的。
彩蛋：如果有耐心可以尝试安装下IOBR和MOVICS两个神包，只要心态没崩并成功安装，R包安装已经入门啦。