在朱元璋之后，明成祖朱棣更是组织人力编辑《四书大全》《五经大全》《性理大全》，并严格规定在科举考试中，《四书》必以朱熹注释，《五经》必以术儒注释，否则就算是异端，不仅如此，在社会生活的各个方面亦如此，又把宋儒所设计的一整套行为规范如三纲五常之类也推到极端，造成很多极不人道的悲剧。
朱棣在如此推崇儒学的同时，又以更大的心力推行宦官政治和特务政治。如臭名昭著的东厂，这也容易让儒学沾染到一些不好的味道。
由此产生了两方面的历史误会。一方面，后代改革家出于对明清时期极权主义的愤怒，很自然地迁怒于儒学，甚至迁怒于孔子本人。提出要打倒孔家店，五四时期就出现过这种情况。另一方面，不少人在捍卫复兴儒学的时候也不做细致分析，喜欢把它在明清时期的不良形态进行装潢，强迫青少年背诵，抄写，模拟，营造出一种背离实事的伪古典梦幻。
其实早在明代中期，儒学因朝廷过度遵从而走向陈腐的事实已经充分暴露，于是出现了王阳明的心学。
王阳明和他的学说都很优秀，充分展示了中国知识分子有可能达到的人格高度。但是即便是他对于中国文化的整体格局也无能为力。
当时中国知识分子的集体人格是什么样的呢？直到明代灭亡之后，有些智者才做出了反思。例如，大家常常以最有气节的方孝孺作为分析对象，方孝孺一直被世人看成是旷世贤达，国家智囊，但当危机发生要他筹谋时，他却每一步都走错了，大家这才发现他才广艺高，好说大话，完全无法面对事事实情。但是等到发现已经来不及了，他与朝廷顷刻灭亡。
明代高层文化人的心态和生态被概括为一副对联“无事袖手谈心性，临危一死报君王”，也就是大家都在无聊中等死，希望在一死之间表现出自己是个忠臣。平时即便不袖手旁观，最关心的也是朝廷里边人事角逐的一些细节，而且最愿意为这些细节没完没了的辩论，有时好像也有直言抗上的勇气，但直言的内容抗上的理由往往不值一提，甚至比皇帝还要迂腐。
笔锋犀利的清初学者傅山更是明确指出，这种喜欢高谈阔论又毫无用处的文化人，恰恰是长久以以来养成的奴性的产物，因此只能称之为奴儒。
最深刻的是黄元熹、顾炎武、王夫之这些思想家，他们从最终根源上揭示了君主专制的弊病，振聋发聩，但是究竟应该怎么办呢？他们却不知道了。
当这些思想家对明代的政治文化作出尖锐批判的时候，民间的艺术文化还是产生了不少实际。例如，就在顾炎武的家乡昆山发生了艺术文化上不小的事件，昆曲的改革。
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