写在前面：在去年的刚接触生物信息的时候就听说bioconda对于安装软件有很大的帮助。但是一直以来因为主要用实验室的平台，常用的软件都是装好了的，也没在意花时间去专门装软件。
这段时间实验室的新服务器启用了，老师让我运维。说难也难，说容易其实也简单，毕竟说白了，在linux平台下，一切皆文件，比起乱七八糟的windows平台，理头绪的时候还是更清晰的。
说干就干，磨磨叽叽的装，编译，预编译，二进制，各种安装基本都玩了一遍，大致有些心得体会了。安装软件时依赖各种的库根据需要下载，依次安装，这还好了。但是恶心的是如果依赖库的版本不一致，还需要打破从头再来，想想都觉得恶心。对，用恶心形容最恰当不过了。
于是乎，我再次回归到了conda温暖的怀抱
1.安装bioconda，并添加国内的源
这个过程很简单，google一堆教程，不赘述。
2.配置虚拟环境
安装软件时，程序依赖的python版本往往和初始安装的bioconda不一致。比如我要装samtools时，可能依赖的是python3.4或者python2，但是我初始装的是python3.6。这种情况下我是安装不了samtools的。为之奈何？配置另一个虚拟的环境，这个环境基于python3.4或者python2。具体做法如下。
[yuwq@localhost ~]$ conda create -n py2 python=2* anaconda
- 这里conda create -n py2 表示安装一个名为py2的新环境。同时我安装了python2和anaconda两个软件。
3.在不同的环境中切换
如果我需要安装的为软件依赖python2版本，我需要先将环境前切换到刚刚配置的py2，然后运行安装程序。
source create py2
conda install samtools
如果还是还是不能安装，添加bioconda，具体做法
conda install -c bioconda samtools
至此，基本完成了常用生信软件安装的基础工作。
至于anaconda中没有的软件，我们还需要用传统的方法安装，但是耍个小聪明，我们可以用conda安装某些依赖的库呀。是的，最好的程序员都在滚别人的轮子，哦不，我还是搞生物的。
yuwq
4/20/2017
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