gemoma安装与简单用法

gemoma是根据已知参考基因组的注释，给未知基因组注释的软件，貌似网上仅仅有提到，却没有具体的用法，笔者研究了一下，写下以下傻瓜式攻略，给大家参考
安装很简单，直接用conda：

conda install gemoma

但是安装完不能直接输入名字直接用，而是要进入gemoma所在目录:

cd miniconda所在目录/pkgs/gemoma-(版本号)/share/gemoma

里面有一个pdf是详细说明
带转录组的话用法如下

./pipeline.sh <search> <target-genome> <ref-anno> <ref-genome> <threads> <out-dir> <lib-type> <mapped-reads>

说明如下：

1. search is a switch for the search algorithm to be used, either tblastn or
   mmseqs（一般人都用tblastn吧）
2. target-genome is the genome of the target organism (FastA)
3. ref-anno is the annotation of the reference organism (GFF/GTF)（参考基因组的gff或gtf注释文件）
4. ref-genome is the genome of the reference organism (FastA)（参考基因组）
5. threads the number of threads to be used（也就是使用的线程数，只要计算资源够，当然是越大越好，哈哈）
6. out-dir is the output directory（结果路径）
7. lib-type is the RNA-seq library type({FR_UNSTRANDED, FR_FIRST_STRAND, FR_SECOND_STRAND}) （转录组文件的类型FR_UNSTRANDED就是没方向，FR_FIRST_STRAND定向转录的正义链）
8. mapped-reads are the mapped RNA-seq reads (SAM/BAM)（把转录组的read，map到自己基因组上可得，可用STAR/hisat等生成）
   注意：<search>等为bash脚本要输入的参数，参数间用空格隔开。如果没有转录组的话，直接不填7和8就好

示例用法如下：

./pipeline.sh tblastn ~/data/genome.fa ~/data/ref.gff ~/data/ref.fa 30 ~/result FR_UNSTRANDED  ~/data/RNA.bam

注意1： 如果没有转录组的话，直接不填7和8就好
注意2： 该命令一定要cd到pipeline.sh所在目录，也就是上文所说目录运行。
注意3： 笔者运行时出现java类型的错误，应该是conda默认的java版本太低，conda deactivate后再运行，使用系统自带的高版本java就成功了。