本次推送是文献分享26的对应内容。 我与生信，公众号：我与生信文献分享26：优质牧草羊草的基因组演化与育种
Fig 1
Fig 2
Fig 3
在本文中，作者提取了完整的LTR-RTs序列，然后基于RT结构域构建了LTR-RTs的系统发生树（Fig 1-3），发现Copia和Gypsy是两个独立的超家族，Gypsy有六个主要分支，Copia有八个分支。Gypsy的成员较多（27,661个成员），而Copia的成员较少（10,644个成员），这与Gypsy经历了两次爆发，而Copia只经历了一次爆发一致。
今天的推送介绍对LTR-RTs的建树流程。
01 LTR注释并提取完整的LTR序列
Fig 4
转座子注释可参考生信分析22：完整的转座子注释流程。 我与生信，公众号：我与生信生信分析22：完整的转座子注释流程
在最后的注释结果genome.fa.mod.EDTA.final文件夹下，由于该分析需要使用完整的LTR-RTs序列，所以先要获得完整LTR-RTs的ID，可以从genome.fa.mod.EDTA.intact.gff3文件获取（Fig 4）。
02 LTR再进一步分类
Fig 5
Fig 6
由于之前的注释结果只说明了是Copia还是Gypsy，没有进一步的分类，所以第二步可以用TEsorter软件进行进一步的分类（Fig 5），输出结果为Fig6。
03 提取RT结构域
Fig 7
Fig 8
LRR-RTs最核心的结构就是编码逆转录酶的RT结构域 (reverse transcriptase domain, Fig 7)，由于其更保守，所以常用来用作构建进化树。通过Fig8 的命令可以提取RT的序列信息。
04 多序列比对后建树
Fig 9
多序列比对后建树（Fig 9），最后导出树文件可以用ITOL或evolview美化。
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