Subspecies Genetic Assignments of Worldwide Captive Tigers Increase Conservation Value of Captive Populations

2008 年 4 月发表在 Current Biology 上。通讯作者为罗述金和 Stephen J. O'Brien。

通过贝叶斯分析和能反应祖先来源的遗传标记的分析，对来自 14 个国家的 105 只圈养虎的祖先来源进行了分析。其中 49 只虎被划分到了单个祖先亚种，52 只有混合祖先成分。研究中分析的卷养虎的遗传多样性显著高于野生虎，可能是大的群体数目、长达一个世纪的新的 founder 的引入、以及有规划的繁育策略的结果。

4 kb 的线粒体序列，用来判断母系祖先来源；用 STRUCTURE 对个体的祖先来源和混合情况进行分析。

Figure 1. Subspecies Genetic Ancestry of a Worldwide Sample of Captive Tigers.

30 个微卫星位点对于亚种判断的有效性是通过结合 Fst 和 informativeness-for assignment index ln 来判断的。为了研究能鉴定亚种的最小数目的微卫星位点，研究者们将 marker 数目从小增大、从大减小地改变，研究 ln 的变化。在无 mixture 的个体中 5 个最 informative 的 marker 就能使准确率达到 95% 以上，而在混合遗传背景的个体中，要达到 95% 准确率需要 28 个 marker。

在 STRUCTURE 分析中，家系和 relatedness 也会影响结果。有 voucher dataset 作为 prior 可以解决这个问题。

对圈养虎的分析把已知的线粒体单倍型从 25 个增加到了 33 个。微卫星 allele 也发现了 46 个新的。

所有东北虎都有同样的线粒体单倍型，不论是圈养的还是野生的，而且没与其紧密关联的单倍型。Pairwise genetic relatedness value (rxy) 的分布表明，圈养东北虎之间的亲缘关系比野生东北虎之间要远（less related）。不过圈养群体和野生群体的 rxy 分布都没有和模拟出的完全不关联的个体的 rxy 分布差很远。

Figure 3. Distribution of Pairwise Relatedness rxy Values for All Pairwise Comparisons within the Wild and Captive Amur Tiger P.t. altaica Populations

东北虎圈养繁育计划（n=32）由几对亲缘关系很近的个体组成。那为什么结果显示更加不 related 呢？