对于PE数据，fastp通过-m/--merge选项实现拼接模式。
-m, --merge
for paired-end input, merge each pair of reads into a single read if they are overlapped. The merged reads will be written to the file given by --merged_out, the unmerged reads will be written to the files specified by --out1 and --out2. The merging mode is disabled by default.
--merged_out
in the merging mode, specify the file name to store merged output, or specify --stdout to stream the merged output (string [=])
对于PE数据，fastp通过-m/--merge选项实现拼接模式。-m, --mergefor paired-en...
本篇文章介绍的序列分析主要是针对二代测序数据。 当前的序列分析主要包括以下方面：序列预处理、序列拼接、短序列映射和...
1. de novo assembly De Bruijn 图是目前二代测序序列最常用的拼接算法，该算法将已经非常...
数据过滤与质控软件：fastp目的：对测序序列的质量检查 安装软件 安装miniconda, 详见Minicond...
功能 输入（Pair End）测序序列文件，利用fastp进行QC和质量过滤（包括质量QC统计，Adapter去除...
转录组分析基本流程 总体流程 测序的原始数据下载-----数据的过滤和质控（fastp）----下载参考基因组序列...
对一条染色体进行测序，将测序得到的reads进行拼接，能够完全拼接起来，中间没有gap的序列称为contig。 如...
版本：0.20.1fastp之前的版本不支持拼接， -m开启merge模式；-c 校准重叠区域内的碱基；--ove...
Seqman软件 Add sequences 双端测序，根据实际测序质量进行首末端序列去除 选中拼接好的conti...
测序数据质控fastp genome preparation alignment bismark_deduplic...
本文标题：二代测序序列拼接：fastp
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/cbqwbctx.html
网友评论