软件管理

1.软件包类型

• .binary : 二进制类型，是已经编译好的软件，下载即可使用，不需要编译
• .tar.gz : gzip格式的打包后压缩文件，大多数需要自己编译后才能使用，也有少数不需要编译
• .tar.bz/.tar.gz2 : bzip/bzip2格式的打包后压缩文件，大多数需要自己编译后才能使用，也有少数不需要编译
• .zip : zip格式的压缩文件，，大多数需要自己编译后才能使用，也有少数不需要编译

2.软件编译

• 压缩包解压缩
• 仔细阅读README或者INSTALL文件
• 如果软件包内有 .configure 文件，则运行这个文件进行编译环境配置，会生成 Makefile 文件；如果没有 .configure 文件，则此步骤省略
• 运行 make 进行编译
• 运行 make install 进行安装

3.安装用户公共使用的软件

• 公共使用的系统软件，如 gunzip、wget等，应安装在 /usr/bin 目录下，同时 /bin 目录本身软连接到此目录，此目录下的软件会被系统更新
• 公共使用的工作软件，如cellranger、bedtools等，应安装在 /usr/local/bin 下，这里的软件不会被自动更新
• 需要在 /usr/local/bin 目录下安装的软件，如果有二进制格式则尽量使用二进制格式，二进制格式直接放在 /usr/local/bin 目录下即可；如果没有二进制格式，则把软件包下载、编译、安装后，把关键程序用软连接指向到 /usr/local/bin 目录中

4.安装Python语言的软件

4.1 pip

• pip官网：https://pypi.org/project/pip/
• pip is the package installeror Python. You can use pip to install packages from the Python Package Index and other indexes
• pip是安装Python语言写成的软件时很有用的软件
• 根据 pip 官网的提示进行 pip 的下载安装

python3 -m pip uninstall pip  #卸载pip命令
pip install package  #pip安装软件包命令
pip show --files package  #查看已经安装的某软件所安装的所有文件的位置
pip list  #查看用 pip 安装的所有软件列表
pip list --outdated  #查看用 pip 安装的所有软件中哪些需要更新
pip install --upgrade package  #对用 pip 安装的特定软件进行更新
pip uninstall package  #对用 pip 安装的特定软件进行卸载

4.2 numpy

• numpy官网：https://numpy.org/

4.3 pysam

• pysam 官网：https://pypi.org/project/pysam/

4.4 Cython

• Cython官网：https://pypi.org/project/Cython/

4.5 pcre

• pcre官网：https://sourceforge.net/projects/pcre/

wget https://sourceforge.net/projects/pcre/包名
tar -zxvf pcre-8.41.tar.gz
./configure
make
make install

4.6 swig

• 编译swig之前必须已经安装 pcre
• swig官网：https://sourceforge.net/projects/swig/

wget https://sourceforge.net/projects/pcre/包名
tar -zxvf swig-4.0.2.tar.gz
./configure
make
make install

5.安装R语言及其软件